烏龜有多種原蟲， 多數共棲無害。 龜最嚴重的致病原蟲是阿咪巴。
[臨床表現]：
厭食、體重下降、嘔吐、粘液性或出血性腹瀉， 最後死亡。 慢性病例常見肝膿腫， 內有大量的阿米巴滋養體。 剖檢肉眼可見病理變化， 從胃一直擴展到泄殖腔的腸道內出現潰瘍灶， 潰瘍發展為乾酪樣壞死、水腫、出血。 肝型阿咪巴肝臟腫大、多發性局灶膿腫、質脆， 腫脹變大， 診斷依據新鮮糞便塗片、組織壓片或組織學切片見到滋養體或孢囊。
[治療]：
侵襲性內阿米巴最好用滅滴靈治療， 劑量為160mg/kg.口服3天， 每天總劑量最大400mg/kg。 肌注鹽酸依咪叮，
曾有報導鞭毛蟲， 特別是六鞭毛蟲屬引起海龜尿道病。 曾用於治療鞭毛蟲的藥物有二甲硝咪唑， 40mg/kg， 口服5天。 滅滴靈125～275mg/kg， 口服， 2周重複1次.
已報導烏龜有幾種球蟲寄生， 克洛斯球蟲寄生蟲在腎， 等孢子球蟲寄生在膽囊和腸道， 艾美爾球蟲寄生在腸道道。 病的嚴重程度隨寄生蟲的品種和被寄生龜的情況而定。 可以用磺胺甲氧嗪， 20%的溶液肌肉或皮下注射， 首次劑量80mg/kg， 後天4天40mg/kg。 如果用4-磺胺-5， 6-二甲氧嘧啶， 首次劑量用90mg/kg， 後5天45mg/kg/天， 用胃管喂烏龜吃藥。
