這些水中細菌所扮演的角色有:
1物質的迴圈
2水質管理
3影響魚只的生理健康等幾個主要的方向。
（1）物質的迴圈 這方面是水質管理方面最重要的一環！主要的是“含碳化合物”的物質迴圈！殘留在水中的含碳化合物以可溶性的物質和分溶性的顆粒存在著。水中的細菌會將這些有機物來利用供其生長繁殖所需的營養。這些增長的細菌，有機會凝聚之後成為水中大型生物的餌料，再次成為其他水生生物營養。在大自然界中，細菌所扮演的（分解者）角色，在水族箱中也充分地發揮其天賦的責任。一方面將大分子的顆粒轉換成為小分子的物質。
另一方面將其轉換為身體的一部份。除此之處，在代謝過程中放出水和二氧化碳，也會直接出現在水生環境中，供綠色植物行光合作用（photosynthesis） 時所需。 在一些強調“生態平衡”的水族箱中，這類的物質迴圈必須相當有效率，如此才有辦法將不斷引入水族箱中的營養固定在生物體中。也有很大的機會將溶解在水中的含碳有機物，經由細菌和微小生物的捕食關係，再次地被魚兒吃到肚子裡去，許多會翻撿水族箱底部砂石的魚類，在吃食相同的飼料卻會長得比較快的原因，就是在翻撿過程中，可以補多餘的營養。而這些營養方面的聚集，都是這類細菌有相當密切的相連性。
（2） 水質管理 這方面的問題也是多所討論的話題，
常見的文章中都以硝化細菌中的“硝酸菌（Nitrate bacteria;Nitrosomonas）”和“亞硝酸菌（Nitrate bacteria;Nrtrify bacter）”所主導的“硝化作用（Nitrfication）”為重心，強調的是水中“氨氧”的物質迴圈，如何將毒性較高的氨氮轉換為毒性較低的亞硝酸和硝酸，甚或直接將氨氮轉換為細菌生長所需的氨氮來源。此外，能處理硫化氫的光合菌（photosynthesis bacteria ）也常常被提及。雖然水族箱中不見得有其發揮作用的無氧環境，卻也能在處理有機廢物上發揮一些作用。適當的數量存在時，對處理水中的有毒物質有很大的幫助，但是，突然大量存在時，對魚體本身來說也不是一件好事。最基本的是會搶掉相當多的氧氣，短時間之內會造成魚兒因缺氧而大量死亡。當然，對魚體的皮膜組織也有一些侵犯性，
在看待這些“綿羊”時，也不妨將之當作是披著羊皮的狼！ 另外在此需要強調的，水族箱中如果存在過多的水中懸浮有機物，會提供細菌大量繁殖機會。尤其是過多的飼料殘留物及分解之後生物屍體常常會溶出相當多的營養物質，提供給細菌生長所需。再者，魚只死亡之後會釋出相當多的“游離氨基酸（Free amino acid）”，這些氨基酸往往是促進病原菌大量繁殖的促進因數。這也是餵食“漢堡”等非熟化生鮮餌料的水族箱中，會發現相當多的病原細菌的緣故。所以，必須以過濾效果較佳的篩檢程式，將水中過多的懸浮有機顆粒過濾除。而一旦發現水中有死亡的魚體，也要馬上將其移除。反觀一些有益的細菌，就能有效率地將這些營養物質消化利用，
一方面減少水中的有機物含量，另一方面也能避免其它的細菌（尤其是致病菌）利用於生長和繁殖。
（3） 影響魚類的生理健康 這是一般討論魚病方面問題的文章所鎖定的重點。當這些會影響魚類生命健康情況的細菌出現在水族箱的時候，一般來說，還是得先和原有的細菌競爭生存空間（營養方面大致不會缺乏，因為水族箱的水質一直都是相當富有營養的水體），不論是在水中，濾材表面或是魚體內外，都必須有原有的細菌做一番競爭，而輸贏並不是以病原性的有無為取決點，而是其他的競爭能力來決勝負。換句話說，這是一場細菌間的戰爭，也是一場肉眼無法看見的戰爭。
只有在分出勝負之後，水質或魚兒的健康情況顯現出來，才知道輸贏。 在環境條件的配合之下，病原細菌開始站穩腳跟，並且開始大量繁殖。這些數量暴增的細菌開始分泌毒素或侵犯魚體的細胞，使得魚兒的身體欠安。
這方面的例子，以魚類消化道中的細菌競爭最為典型。當原本生存在消化道中的細菌群被其他外來的細菌群所取代之後，魚只的消化情況就會出現問題，輕則食欲不振，重則消瘦之後逐漸死亡。其他例如“柱狀菌（Cytophaga colunnaris）”和“嗜水性梭孢桿菌（Aeromonas hydrophilus）”等細菌，也會在其他方面造成許多魚體的生理病變。相對的，當水中生存空間一旦被一些非致病細菌所佔領，而這些細菌都具有強大的競爭能力時（甚或會殺除或抑制其他特定病原細菌的生存），
則對魚兒的身體健康有相當大的幫助。例如：桿菌中的“枯草桿菌（Bacillus subtilis）”和乳桿菌中的“雙叉乳酸桿菌（Lactobacillus bifidus）”等的細菌，都是常被提到的。而這些細菌在市面上已有相當普遍的應用層面，常被水族愛好者添加入水族箱中。 維持水中的“細菌相”平衡或是保留有益（至少無害）的細菌，去除會致病的細菌，一直都是水族專家所努力的目標。除了日常的水族保養，添加有益的細菌之外，當移入新的魚和水草時，一定要做好事先的消毒工作，能有效地防止未知的病原細菌移入水族箱中，此外，留心些微的魚體變化，也是可以觀察得出來水中細菌種類和數量變動的情況。總而言之，雖然細菌看不見，卻也不能完全無法可管地任其為所欲為，不是嗎？
不是嗎？
