再美的環境，放任不管，也會產生垃圾，而一個完整的生態環境，也需要分解者的存在才能維持正常的運作，
過濾系統一般分為機械過濾和生化過濾。機械過濾通過物理的方式去除水體中的雜質顆粒，而生化過濾是利用生物物種來分解物理過濾所殘留的細小雜質，將有害物質轉換還原為有益物質。
一、機械過濾：清除排泄物和雜物
魚缸的過濾系統包括很多類別，其中機械過濾可以過濾掉水中的排泄物和其他雜物，使魚缸變得清澈明亮。機械過濾的濾材是具有較密孔隙的過濾棉、羊毛氈、砂石等，最常見的是過濾棉。活性炭也是一種常用的過濾材料，具有吸附金屬離子、脫色、除臭的功能，但它使用一段時間後會失去作用，
淨水劑、穩定劑等也是機械過濾的組成部分。時間久了，水中難免產生微型有害物質，這些有害物質有的以離子狀態存在，有的則以化合物的形態存在。淨水劑和穩定劑可以中和掉有害物質，或者讓它們形成沉澱，凝結成顆粒後被過濾掉。
弊端：降低魚兒抵抗力
機械式過濾的水質保持時間不長，而且需要經常換水。畢竟再細密的過濾材料也不可能完全清除水中的異物。所以必須按照“三天小換水，七天大換水”的辦法動手清潔魚缸。過濾材料也需要定時更換。另外，機械過濾會殺滅水中的菌體，營造一個與自然界迥異的無菌環境，時間長了會使魚兒們的抵抗力下降。
二、生化過濾：培養有益菌
生化過濾是以培養硝化菌來轉化水體和魚的排泄物中的有害物質。具體說來，亞硝化細菌將氨分解成亞硝酸鹽，然後，亞硝化細菌將亞硝酸鹽分解成毒害較小的硝酸鹽，有些硝酸鹽會分解為氮氣從水中揮發出來。
這些細菌是有益無害的，我們稱其為有益菌。這與優酪乳中的有益菌對人體消化系統的作用是相同的。有益菌可以自己生長，也可以購買商品有益菌添加。
弊端：成本高，收效慢
生化過濾會營造一種和自然界相同的有菌環境，促進水體生態系統的完善。雖然“夠天然”，可生化過濾成本高，收效慢。
開始時需要不斷往水裡添加活性硝化菌，但不能經常換水，一週一次就夠了，每次換 1/3。採用生化過濾的魚缸應該以飼養小魚為主，
硝化菌繁殖速度很慢，而且對氧氣的消耗也非常大，所以主人必須在魚兒之外考慮硝化菌的“呼吸問題”，需要有好的供氧設備。硝化菌適合生存溫度是 25℃左右。
三、魚缸清道夫
魚缸“清道夫”原產地是拉丁美洲，屬於鯰魚科，生物學分類與異型相同，也有稱之為“國王異型”的。頭部扁平，背鰭很高，體長最長可達 40釐米。顏色多為黑色，或者根據環境有所變化，褐底黑斑的也有，黃色的很常見。根據體長市場售價從一元到幾十元不等，是許多大型魚水族箱中必不可少的一種工具魚。
清道夫的食性很強，如果你的魚缸裡有水草，它們也會把水草葉子啃得千瘡百孔。除非是餓得沒辦法，
為了魚缸的生態多樣性，養少許清道夫是可以的，但如果想讓清道夫替代篩檢程式，養一些大型的清道夫，則往往適得其反。另外，“清道夫”和某些小型魚是不可混養的，一方面它很可能會把小魚當做食物，時不時的啃食一下，造成小魚受傷，例如七彩，有時清道夫會去啃食七彩身上的粘液。
