篩檢程式是魚缸不可缺少的一部分，它可以維持魚缸水質，保持純淨的環境，當然，篩檢程式用久了也要清洗，
我們知道魚缸篩檢程式由許多部分組成，所以 清洗的時候也要一步一步的拆開清洗。
一、步驟：
第一步：清洗過濾棉
第二步：清洗生化棉
第三步：玻璃環 (陶瓷環、生物石等)
第四步：活性炭 (吸氨石、麥飯石等)
因過濾桶密封性及安裝相對複雜，且為了保護硝化細菌系統，不宜經常清洗，因此，選擇的過濾材料要價格貴些比較高極的材料。
第一層是屬於物理過濾，主要是將水中的固體殘渣阻擋住，所以特別容易髒，清洗也是以這一層為主，其他幾層通常很少清洗，常洗反而容易失去硝化菌。清洗是利用給魚缸換水之機。
取出濾棉，在抽出的魚缸水中反復漂洗，也可利用抽水管對濾棉反沖 (當然衝力十分有限)洗。清洗時，要注意：
一是清洗過濾棉的時候要用原缸水清洗。因為用原缸水清洗過濾棉能減少有益菌的損失，這樣能延長清洗過濾棉的間隔時間。
二是清洗過濾棉千萬不要像洗衣服那樣搓和扭幹。而是要泡在原缸水裡攪一攪，髒東西甩出來就行，要不髒東西一搓就容易積聚到棉的深層。
清洗生化棉：放入清水中，輕輕捏幾下就可以了，不要洗的太乾淨，因為裡面有大量的細菌附著，洗得太乾淨，細菌還要重新繁殖，這樣魚缸的水反而不會清澈。
陶瓷環的清洗方法：陶瓷環放入鍋煮半小時，然後放入高錳酸鉀進行浸泡半小時，然後用清水沖洗。
二、其他清洗時的注意事項：
1、從水中取出篩檢程式或做任何保養時應將篩檢程式的電源斷開。
2、經常性的清洗/更換過濾棉及活性炭是確保過濾有效工作的必要條件。
