黃頭側頸龜的外觀並不起眼，因為他的背甲並沒有什麼花紋，但是他的頭部是有很明顯的亮黃色斑點，
一、黃頭側頸龜的形態特徵
這種龜基本上是灰色的。四肢的前側面和頭部的背面比背甲上的顏色略深一些。頭部有一些黃色的斑點，這正是它那俗稱的由來。它們一共有九個——一處在鼻端的頂上；一處是頭部的兩側，在鼻斑的下方，一面一個；正下方一處；再後面一點有一處；上面一處；每個眼睛後面又各有一處。給人的整個印象就像是一隻抹了油彩的小丑龜。
unifilis這個學名是源於產自澳里諾科流域的這種龜下顎上長有單個的觸鬚（而產自亞馬遜流域的龜則有兩根觸鬚，這個學名就有些不太合適了）。成年的雌龜據知背甲長度可以達到25英寸（63.5cm）以上，而雄龜很少有及得上這個一半的。
二、雌雄分辨
幼龜的雌雄並不容易辨別，它們的尾部差異不大。雌龜隨著成長頭部黃斑會逐漸淡化消失，體型通常會比雄性大很多。雄性體型較小，頭部的黃斑會一直保持鮮黃色，不會淡化消失。雄龜的尾巴會逐漸長得粗大，雌龜尾巴則維持短小。
