1、蜥蜴下頜骨的左右兩半以骨縫結合，不能活動，口不能張大。蛇的下頜骨左右兩半以韌帶相連，彼此間可拉開，這是蛇的口可以張得很大的原因之一。
2、蜥蜴一般具有四肢，即使四肢都退化無存的種類，其體內必有前肢帶(肩帶)的殘餘。蛇一般不具四肢，即使有後肢殘餘的種類，其體內也絕沒有前肢帶的殘餘。
3、蜥蜴多具有活動的上眼瞼和下眼瞼，眼睛可以自由啟閉。蛇的上下眼瞼癒合為一透明的薄膜，罩在眼睛外面，看起來，蛇眼永遠是睜開的。
4、蜥蜴多數種類的舌頭都較寬大肥厚。蛇的舌頭都很細長，
5、蜥蜴一般都有外耳孔，即使沒有，也可從外表看出鼓膜的所在。蛇沒有外耳也沒有鼓膜，所以外表上看不出聽覺器官的痕跡。
6、蜥蜴的尾巴都較長，一般約等於(或僅略短於)頭體長，或為頭體長的2—3倍。蛇的尾巴相對較短，為體長的 1/2到1/4(即尾長占全長的1/ 3—1/ 5)。
