1、土著微生物
土著微生物是在當時當地水源水域中土生土長的微生物,在水中或固著在生物包的填料上,形成生物膜,是在自然狀態下形成的。
傳統的生物包不是利用人工培育的微生物,而是對自然生長的微生物群體加以馴化,自然選擇繁殖利用。這類微生物包括細菌、真菌、藻類、原生動物和相應的分解污染物的酶體系。
2、外來微生物
在自然界中,能有效降解水體中碳、氮、磷、硫系污染物的高效菌株生長在土壤中,因為那裡有它們所需要的N、P、K及其它必需的營養元素。而在自然界的海、淡水中原來未受污染,
淨水外來菌主要是芽孢桿菌,在好氧厭氧條件下均能生存。它們絕大部分都是對動植物無害的腐生菌。它們具有強烈的分解碳系、磷系、硫系污染物,分解蛋白質和複雜多糖的能力,對水溶性有機物分解也起著重要的作用。
3、基因工程菌
運用生物工程技術,採用細胞融合、基因重組技術等遺傳工程手段,可以將某種降解污染能力強的微生物的降解基因,轉入繁殖能力強,適應性好的受體微生物中,構建出高效的具有廣譜降解能力的基因工程菌。例如,現在已有在0℃下也有降解活力的微生物,人們可以定向培養、定向構造特定功能的“超級工程微生物”,這比生物包接種純自然外來微生物更有成效,這種工程菌一方面科技含量高,成本高,最適宜應用于海洋館或大型水族館,