雖然阿富汗獵犬身體健康，平時很少生病，但這並不代表狗狗沒有氣人方面的問題，犬主人要留意狗狗的皮膚方面的疾病。
在愛犬的皮膚問題上，最常發生的就是異位性皮膚炎的問題，而且好發在母犬身上，從六個月大開始一直到七歲之前都很容易發生；此外，在迷你愛犬身上，還容易患有一種名為愛犬粉刺症的疾病。
愛犬的皮膚生性敏感，很容易因為洗毛精清潔不完全或過敏，而引發表淺化膿性壞死性皮膚炎，或是因為對磺胺劑類型藥物過敏，而造成皮膚發炎的現象；除此之外，愛犬也容易患有糖尿病以及低甲狀腺功能症方面的內分泌問題。
在胃腸道方面，則容易發生先天性肝門脈分流、以及出血性胃腸炎（通常好發於兩歲至四歲之間）。這種出血性胃腸炎不是病毒造成的，較容易發生在迷你型愛犬身上，而就大型愛犬來說，因為牠們對於維他命B12會有吸收不良的問題，而且非常有可能會造成不再生性的貧血現象（通常好發於六周至十二周的狗狗身上），飼主要特別注意。
