北部黑瘤地圖龜的外觀就像所有地圖龜一樣，都有著地圖一樣斑斕的圖案，但是北部黑瘤地圖龜還是很容易辨認的，
北部黑瘤地圖龜最大甲長19.1公分。前方椎盾的前緣部位有明顯的黑色瘤狀突起，且背甲上具有黃色細紋。眼部後方的黃斑均向後延伸，在左右兩邊合流後呈現出Y字型模樣。此外，背甲後緣呈明顯的鋸齒狀。幼年背甲顏色較淺，隨著年齡的增加，顏色逐漸變深。
稚龜背甲斑紋不明顯，呈漩渦狀，突起的黑瘤也很明顯，成年後斑紋與底色的區分明顯，所以看上去會更明顯。頭部斑紋與身體上的圖案交相呼應，形成很好的保護色，最大的特點就是眼後那一抹黃色的橫紋，與其他位置的斑紋有區別，並在頭部形成很好看的Y字形。
背甲大體呈圓形，但邊緣呈鋸齒狀，
