巴西龜爛甲病一般是由於甲殼受磨損後，細菌侵入而導致甲殼潰爛。當然也有可能是因為也有可能是收到機械性損傷，如野外捕捉時或運輸途中受到硬物碰傷，或者從高處跌落導致甲殼受損。在發現巴西龜爛甲之後，家長應該及時處理並且進行診斷治療。
治療巴西龜的爛甲病，可以先用酒精棉把針和指甲鉗消毒乾淨；在用指甲鉗小心將病灶處的外殼剪一小口；然後用針小心將白色腐爛的甲一點一點挑除，貼近生肉的地方要先用針輕輕試探一下。需要注意的是，如果發現巴西龜掙扎得很厲害，那麼就表示那塊挑撥的肉是健康的，此時家長就應該停止動作了。
接下來應該用酒精棉輕輕擦拭傷口處，讓酒精棉的酒精能滲透進去，然後稍待傷口處的酒精風乾；再將金黴素藥膏填滿傷口凹處。因為金黴素藥有一定的防水性，在給巴西龜填好藥膏後，
在治療期間，家長應該多給巴西龜準備一些小魚或者骨頭類的食物，因為這些食物營養豐富，可以促進新甲的健康生長。同時，每次換水的時候，都不能直接使用自來水。所選擇的自來水一定要先經過太陽暴曬，然後才能飼養巴西龜。
一般來說，在飼養者精心的養護、管理之下，巴西龜的爛甲病在1周左右就會有明顯的治癒效果。在此期間，家長還應該定期用酒精棉消毒傷口後再填藥膏，直到巴西龜的爛甲病痊癒為止。此外，當巴西龜的傷口處長出新的甲片，就表示巴西龜的傷口處於恢復，相信很快巴西龜就可以痊癒了。
