黑頸烏龜最大的特點就是黑，這是一種並不止頸部是黑色的龜，成體的黑頸烏龜通體都是黑色，與性成熟後的公草龜相似，
黑頸烏龜體型較大，背甲通常長12～25cm，寬11～19cm。背甲長橢圓形且平扁，具一明顯的縱行脊棱，無側棱。成龜背甲一般棕褐色或黑褐色(幼龜背甲略呈黑褐色)，有些個體每一盾片的中央部色較淺淡。成體腹甲黑色，幼體腹甲棕黃色，每塊盾片邊緣均有不規則的棕褐色斑紋。甲橋部棕褐、黑褐或棕灰色，與腹甲顏色明顯不同。
頭部大且寬，吻鈍，吻略突出於上喙，向內下側斜切。下鄂左右齒骨聯合交角大於或等於90度。頭部黑色，側面有黃綠色條紋(幼體頭部側面或頸部為橘紅色)。四肢黑色無條紋，指、趾間具蹼。尾黑色且短。雌龜體型較大，尾較短，泄殖腔孔距背甲後部邊緣較近。雄龜體型較小，
