壁虎亞目 分4科,即四肢發達的壁虎科、前肢退化而後肢鱗瓣狀的鱗腳蜥科、夜蜥科、有活動眼瞼的瞼虎科
鬣蜥亞目 分3科,即美洲鬣蜥科、鬣蜥科和避役科
蛇蜥亞目 分6科,
雙足蜥亞目 僅雙足蜥科一科
石龍子亞目 分4科,即非洲蜥蜴科、蜥蜴科、石龍子科和美洲蜥蜴科
鬣蜥亞目(Iguania):典型的鬣蜥亞目成員背上有鬣鱗,略似楔齒蜥,均四肢完整,不少種類可以變換身體的顏色,並包括一些相貌最獨特的蜥蜴。鬣蜥亞目下分3個或更多的科,主要分佈於熱帶、亞熱帶地區,其中美洲鬣蜥科主要分佈於新大陸,而另外兩個科限於舊大陸。鬣蜥亞目樹棲和水棲的成員均比其它亞目更多,但也有不少陸棲的成員。
美洲鬣蜥科(Iguanidae):又稱鬣鱗蜥科,是爬行動物中的大科,約有54屬550~880種,主要分佈於新大陸從加拿大西南部到美洲最南端,也有少數分佈於舊大陸的馬達加斯加島和西太平洋的斐濟、東加等島嶼。
美洲鬣蜥亞科(Iguaninae):美洲鬣蜥亞科有10屬36~38種,分佈於美國南部島巴拉圭之間的美洲大陸,加勒比海諸島和加拉帕哥斯群島,並有一個屬分佈於斐濟、東加等西太平洋島嶼,其中包括一些美洲體型最大和最著名的蜥蜴綠鬣蜥身長可達2米,是西半球最長的蜥蜴,常被當作寵物飼養。海鬣蜥Amblyrhynchus cristatus分佈於加拉帕哥斯群島,是現存唯一半海生性的蜥蜴,善於游泳,在海中進食。分佈於斐濟和東加的低冠蜥Brachylophus屬成員分佈區與其美洲的同類相隔不下9000公里,它們如何到達這裡很難解釋。
安樂蜥亞科(Polychrotinae):安樂蜥亞科是美洲鬣蜥科最大的亞科,多達11屬和250~392種,主要分佈於中南美洲和加勒比海諸島,少數可到達美國東南部。安樂蜥體型比較小,多為樹棲,善於變換身體的顏色,相當於美洲的變色龍。
盔蜥亞科(Corytophaninae):盔蜥亞科有3屬9種,分佈於墨西哥到厄瓜多爾,體型較大,大者可接近1米,是行動敏捷的樹棲蜥蜴,也擅長游泳,並可以在水面上用後肢奔跑一段距離。
角蜥亞科(Phrynosomatinae):角蜥亞科有8屬40~124種,包括角蜥、強棱蜥、猶他蜥等,分佈於加拿大南部到巴拿馬一。