生物過濾系統是利用好氧細菌幫助有機物的氧化，使有毒的亞硝酸氧化成無毒的硝酸鹽，再由厭氧性脫氮細菌將硝酸鹽還原成氮氣釋放回大氣中。
一、細菌性生物過濾系統必備的三大特性：
1.濾材的結構必須是開放式並具有滲透性。
2.濾材的內部必須堅固，不會因滑動而阻塞。
3.水流要越強越好，以能提供細菌作用時所需的溶氧量。
二、細菌的植入：
當細菌在篩檢程式的濾材中滋生後就可以使濾材由原先的純機械性過濾功能因此兼具了生物性過濾的效果。若需要在短時間內達到所需的細菌活性，我們可以經由硝化細菌與酵素的組合施用於過濾棉、海綿、木材、活性碳、生物過濾球等篩檢程式材，便可將培養期減短幾天。
另外，濾材若洗刷太乾淨也會把附著其上的硝化細菌徹底破壞。而更換濾材時最好在篩檢程式中留下一些舊濾材，
三、硝化細菌和厭氧細菌：
生物過濾系統中的主角--硝化細菌是一種好氧細菌，它的作用必定會增加氧氣的消耗量，因此必須注意過濾系統的水流速度，每100公升的水族箱中其過濾速度不能低於每小時50公升，以達到溶氧量。
四、值得一提的：
若因停電致使過濾系統無法啟動，水流便會隨之完全停止，好氧細菌因而大量死亡，此時整個生物過濾系統就會徹底破壞，而滴流式篩檢程式可以在停電或無水供應的情況下仍可維持作用兩天。不但如此，滴流式篩檢程式還可隨時保持水中溶氧量在80-100%的飽和溶氧量，而密封式篩檢程式就只能保持在20-30%的溶氧量了。所以滴流式篩檢程式對於水中生物和好氧性細菌都有著極大的影響和助益。
