水草有無莖和有莖之分，而且一個生態環境良好的草缸中，水草的生長速度總是讓人感到驚訝。這不得不讓養殖者頻繁的給水草修剪枝椏，以保證新生草葉的正常生長。當然，根據水草的品種不同，其修剪的方法也會有明顯的區別。就拿有莖類和無莖類水草為例，期修剪的方法也是不同的。
有莖類水草的根最大的功能只是在固定抓地，當然還是有一部份吸收養分的功能，但由於水草是整棵生長在水中所以能用莖葉直接由水中獲得養分，所以不要耽心上半段沒有根會長不好。修剪下來的水草也不一定要種回原位，有時可用修剪的機會變換一下位子，會讓水草缸有變化的新鮮感。
總結性的說，有莖類水草的修剪正確的方法是將要修剪的水草整棵連根拔起，留取上半段適當的長度從莖節下方1至1.5公分處剪斷，捨棄下段有根老化的部份，
而對於非有莖類水草來說，修剪時只要把老化枯黃的葉片拔除掉即可。拔除時應該連葉柄拔除乾淨，如果對於一些生長太過於旺盛的水草可進行斷根的動作，用剪刀直接插入水草根部附近砂中將根剪斷一部份，這樣就可減慢水草的生長。
定期的修剪水草不僅僅是為新生水草提供更好、更廣闊的生長空間，同時也是對水草的造型美容。無論是修剪有莖類或是無莖類水草的水草，除了將枯萎老去的葉片修剪掉，同時也可以給水草做合理的造型，給水草修剪出一個合適的造型，也提高草缸的欣賞價值。
