1．光照不足
水草在生長過程中，由於光照不足，會降低水草的光合強度，同時也就影響了水草的正常生長發育。如紅柳、紅蝴蝶等紅色水草，因光照不足會使葉內的花青素減少，而葉綠素增多，以後就逐漸地變為綠色，原來那種豔紅奪目的色彩慢慢地消褪；綠色水草若在光照不足情況下，也表現出黃化、植株纖弱、生長不正常。如果把它放在光照充足的條件下，水草又慢饅地恢復了正常，葉色也翠綠欲滴；紅色水草也變得豔紅耀眼。因此，要加強光照避免光照不足而影響植株的正常生長。
2．水溫過高過低
水箱的水溫過高，使水草的葉片或幼嫩部分發生的傷，導致落葉或黃化等現象發生，嚴重時，葉片易於腐爛和溶解。
水溫過低的話，對多數熱帶或亞熱帶水草的生長發育也會有影響。如植株體內的代謝機能降低，並停滯生長。有時也使植株全株或局部發生壞死、爛根等症狀。
3．脫水現象
水草的脫水是一種生理現象（燒枝），其原因主要是施肥過多所致。因水中的總離子濃度高於水草體內，發生了滲透作用，於是就出現縮水現象。發生輕微時，葉形變小，幼葉捲曲不伸展；若嚴重時，全株葉片脫落，漸而腐爛死亡。
（三）生物機械傷害
1．螺類食傷
螺類等軟體動物是清除水箱藻類的幫手，但有時為了補充食源，螺類也為害水草。
2．魚類損傷
一些種類的熱帶魚在原產地均以水草作為食源。現在作為觀賞魚來飼養，雖喂的是人工飼料，但仍改不了吃水草的習性。所以，在水箱裡避免養像泰國鯽。八字娃娃等食草魚類，還有些魚如皇冠泥鰍等雖不吃水草，但有掘穴的習性，因此也傷害了水草的根系部分。
1．紅藻類
紅藻（包括刷狀藻和須狀藻等）對水草的破壞性較大。其特點喜于明亮場所滋生，所以玻璃壁和沙礫上都附生著紅藻類，嚴重時有礙於觀賞。須狀藻為害水草時，則呈捲曲狀附著于葉的尖端；而刷狀藻在水草葉面、莖及根上長出厚密的刷狀物，
2．綠藻類
綠藻的種類很多，有絲狀的，也有斑點狀的。絲狀藻類一般附著水草而生；斑點狀藻卻附在玻璃壁或水榕類等水草葉面上。若絲狀藻附著在鹿角苔等水草上，則很難除淨。
3．藍藻類
藍藻是一種危險性的藻類，很容易發生在初設的水箱內。其特點就是繁殖快，生長迅速。附生在水草上時，形成一層脂膜而抑制水草的呼吸作用。
