首先我們應該明白硝化系統對pH的影響是客觀存在的。而硝化細菌是硝化作用的主要執行力。硝化作用能將氨分兩階段最終轉化為硝酸。但是含氮化合物是否能有效轉化為硝酸，還是僅轉化為氨，主要取決於硝化細菌是否存在。
由於氨化細菌無所不在，不僅可以在水族箱中自生，而且繁殖的速度也是相當的快，所以不需要我們特別去處理，即能自動進行氨化作用。反而觀硝化細菌就顯得有些不同，雖然它也可以在水族缸自生，但是繁殖速度卻極為緩慢，同時必須要有適當的環境，才能慢慢地繁殖出足夠的數量，並藉以進行有效率的硝化作用。
健全的硝化系統系由足夠數量的硝化細菌，以及執行硝化作用的適當條件建構而成。主要的作用條件，包括合適的溫度20-30度及pH7.5-8.2、足夠的溶氧，至少2 ppm以上及不受有機污染且可供的硝化細菌附著的的作用表面如生物濾材等。
健全的硝化系統則是能繁殖出足夠數量的硝化細菌，及時把來自氨化作用所生產的氨氧化掉。雖然在硝化作用過程中所產生的硝酸，量多時，可能因pH降低而抑制硝化作用之進行，可是不斷由氨化作用所生產的氨，又把酸度給中和掉，讓硝化作用又可恢復而能持續進行。因此，最後的演變總是：所有的氨都可能被硝化細菌氧化為硝酸，使水質變酸，但通常又被限制於酸度不低於pH6.0的弱酸性狀態之下。
