蜥蜴雖然是不近人情的冷血爬行動物，但是蜥蜴是非常喜歡乾淨的寵物。如果飼養者能定期的清理它們生活環境的衛生，蜥蜴會變得更加的乾淨健康。你在蜥蜴身上不會聞到任何的異味。
健康的蜥蜴一般在2-3天排泄一次，有些品種的蜥蜴它們會在固定的地點排便。因此，飼養者每週定期為蜥蜴打掃一次環境衛生即可。每天將蜥蜴休息的場所打開通風，以保持蜥蜴生活環境內的空氣新鮮。
一般在飼養蜥蜴的時候，都會選擇便於清理墊材。如果你的環境使用了諸如爬蟲砂，樹皮粒等爬蟲墊材的話，可以使用鑷子將蜥蜴的排泄物連同粘連的墊材一起清除掉。可以使用乾燥的報紙做墊材，當蜥蜴使用完後就可以直接的扔掉。
清理蜥蜴飼養箱的衛生，以保證它健康成長的前提。如果飼養的蜥蜴數量太多，清理打掃的工作繁重，那麼可以適當的延長清理打掃的週期。
