1．紅藻類
紅藻（包括刷狀藻和須狀藻等）對水草的破壞性較大。紅藻在明亮場所滋生，所以玻璃壁和砂礫上都會附生紅藻，嚴重時有礙觀賞。須狀藻為害水草時，則呈捲曲狀附著于葉的尖端；須狀藻在水草葉面、莖及根上長出厚密的刷狀物，類似於陸地上的草坪。
2．綠藻類
綠藻的種類很多，有絲狀的，也有斑點狀的。絲狀藻類一般附著水草而生；斑點狀藻附在玻璃壁或水榕類等水草葉面上。若絲狀藻附著在鹿角苔等水草上，則很難除淨。
3．藍藻類
藍藻是一種危險性的藻類，很容易發生在初設的容器內。
4．褐藻類
褐藻多發生在初用的水箱裡，水中硝酸鹽含量高時也有褐藻發生。此藻一般呈茶褐色的薄膜狀附生於葉面或玻璃壁上，用手指輕輕一擦，立即脫落。發生的原因主要是光線不足，水草的光合作用也不佳，以及水中含氧量過低等因素，導致此藻為害。當水草生長旺盛，環境趨於穩定時，此藻也隨之消盡。
5．毛藻類
這是一種附著在水草葉片的周邊、流木以及岩石上，長約5釐米，呈刷子狀的苔，一般是為黑褐色，不過有時候也會有綠色或灰色的。附著在岩石上時，可用毛刷使勁刷洗掉，但如果附著在水草（尤以水榕和椒草等葉子堅硬的種類最易被附著）上，
6．絲狀藻類
呈綠色的細釣絲狀，且種類繁多，通常纏繞水草而生，而非附著其上。它以水中的肥料為養分進行繁衍，故必須中止液肥的投注，並且還要頻繁地換水。
