藥用花卉病蟲害的防治，首先要瞭解發病的原因和病蟲害的種類，掌握病蟲害發生發展的規律，貫徹“預防為主，綜合防治”的方針；其次要全面考慮，趨利而避害，既要提高藥用花卉的產量和品質，又要減少環境污染。尤其要防止毒物殘留危害機體。在掌握這些原則以後，可以運用以下防治方法：
1.植物檢疫 就是根據國家制定的一系列檢疫法規措施，以防止別的國家或別的疫區輸入新的危險病蟲和限制當地的病蟲害向外傳播蔓延，來防治藥用花卉病蟲害的方法。
因此，在藥用花卉引種、種苗的調運要嚴格履行檢疫手續。
2.農業防治 就是綜合運用栽培管理技術措施來控制和消滅病蟲害的方法，稱為農業防治法。常用以下幾種方法：
(1)選育抗病蟲品種 不同品種的藥用花卉對病蟲抵抗能力差異很大，因此選育抗病害的優質、高產的藥用花卉品種是防治病蟲害的經濟有效的措施。如有刺紅花比無刺紅花抗炭疽病。在同一品種內也要選育抗病蟲的單株留種。另外，還要選用無病或少病的種類，以減少病源。
(2)合理輪作 不同的藥用花卉有不同的病蟲害，而各種病蟲又有一定的寄生範圍。
因此在一個地區或一塊土地上經常輪作不同的藥用花卉或農作物，使那些對新的環境和食料不適合的病蟲，逐漸減少，自然消亡；對土壤帶菌的病蟲害以及那些單食性和寡食性害蟲，
病蟲害的抵抗力，如一般爛根病嚴重的藥用花卉與禾本科植物進行水旱輪作4年以上，可減輕根腐病和白絹病的發生。
(3)調節播種期 有些病蟲害常和藥用花卉某個生長發育階段的物候期有著密切關係。如設法使這一生長發育階段避過病蟲害大量侵染危害的危險期，可以減免或減輕病蟲的危害，如紅花適期早播，可避過炭疽病和紅花實蠅的危害；薏苡適期晚播，可以減輕黑粉病的發生；萱草夏播，可以避免春季苗期害蟲的危害。所以調節播種期是達到避病防蟲的有效手段。
(4)深耕細作 能促進藥用花卉根系發育，增強吸肥能力，使其生長健壯，同時還起直接殺滅病蟲的作用。
(5)清潔田園 地裡病蟲危害殘株及田間枯枝、落葉、雜草等，往往是病蟲隱蔽及越冬的場所，成為來年病蟲來源。因此，有病株落葉收集燒毀，清潔田園，可以減少病蟲害的發生。
(6)加強田間管理 包括合理施肥，及時排灌和中耕除草等技術措施，通過精細的田間管理，達到防治病蟲的效果。
3.生物防治 應用自然界某些有益生物消滅或抑制某種病蟲的方法，稱為生物防治。
生物防治目前主要是利用以蟲治蟲，以菌治蟲和以菌治病及以鳥治蟲的方法進行。如利用步行蟲、食蚜瓢蟲、食蚜虻、食蜴蠅等撲食性益蟲防治蚜蟲等；利用山繭蜂、赤眼蜂等防治菜青蟲；利用白僵菌、青蟲菌、殺螟桿菌等寄生性細菌和真菌防治菜青蟲、食心蟲、蠐螬、金龜子、地老虎等多種害蟲；利用春雷黴素、 “5406"、內療素等抗菌素，
4.物理機械防治 根據病蟲的生活習性和病蟲的發生規律利用溫度、光及器械等物理機械來消滅病蟲害的方法，稱為物理機械防治法。如活動性不強，危害集中，或有假死性的病蟲，實行人工捕殺；對有趨光性的鱗翅目以及某些地下害蟲等，利用誘蛾燈或黑光燈誘殺；利用高溫低溫方法防除倉庫害蟲。
5.化學防治 應用化學農藥防治病蟲害的方法，稱為化學防治。具有作用快、效果好、使用方便，能在短期內消滅或控制大量的發生病蟲害，受地域性和季節性限制比較小等特點，是目前防治病蟲害常用的一種方法。但也有較大的缺點，如長期使用農藥，病原生物易產生抗藥性，同時傷害一些有益生物，不利於生物防治。另外，還有農藥殘毒、污染環境、影響藥用花卉品質等缺點。
目前化學農藥常用藥劑中，按其對病蟲的毒殺作用可分為殺蟲劑和殺菌劑兩大類，此外還有除草劑等。
上述藥劑使用時，可以採用噴霧、噴粉、薰蒸、拌種、浸種、塗抹、土壤處理以及製作毒穀、毒餌、毒土等方法來防治病蟲。
化學藥劑使用中應注意：瞭解藥性、對症下藥、抓住時機、適時噴藥，掌握技術，保證藥效、注意安全、避免藥害和人畜中毒。近年來，隨著原子物理學的發展，已開始利用電離輻射直接殺死害蟲。此外，還可以利用鐳射防治害蟲。
