雖然說火鼠比起兔子、雞、豬等動物發病率少，但仍需做好疾病防疫工作。特別是初春火鼠冬眠初醒，一定要加強保溫措施，多喂精飼草、增強自身抵抗能力，防止氣溫下降造成火鼠休眠。凡是冬眠蘇醒後再進入休眠狀態的身弱火鼠，傷亡率較高。所以初春保溫措施是首要工作。其次要做好火鼠防疫工作。防疫主要採取以下三個措施。
1、經常打掃鼠舍、搞好環境衛生。夏天鼠舍7天消1次毒，冬天1月1次，消毒的藥品很多，主要有來蘇水、火堿等。
2、春夏秋用敵百蟲水3%，或雙味0.01%，速滅殺丁0.01%，將火鼠洗浴1次防止皮膚病發生。
3、仔鼠生下1個月後作1次終身免疫。防疫藥品很多，可選用巴氏桿菌疫苗，以增強火鼠的自身抵抗能力，提高和加快火鼠生長發育。在日常飼養過程中可適量用一點消炎藥品，如土黴素，胃康寧等以促進火鼠健康生長。
