沼澤箱龜的健康狀況與飲食是分不開的，提供給他相應的食物很重要，野生環境下沼澤箱龜會捕捉一些昆蟲等小動物，
沼澤箱龜可以挖掘地下的蚯蚓或枯木中的蟲類，蝸牛，毛蟲，甲蟲等為主食，也會吃果實，青草，漿果類，菌類及野花等植物類食物，主要是在陸地上覓食。而在人工環境下，要長期成功的飼養箱龜，就需要花較多時間去注意它們的進食狀況，並經常調整食物的內容。以達到營養均衡的要求。基本上箱龜食物中，動物性蛋白質如麵包蟲，蟋蟀或蚯蚓等要占50%，也可以用箱龜飼料替代。
植物類的食物如一般蔬菜類，豆類，蘿蔔和馬鈴薯等可占箱龜食物的30%。至於青草，苜蓿，稻草，蘿蔔葉等纖維質較高的植物可占10%。多種食物的組合可以説明箱龜保持均衡的營養和消化道通暢。
