日本地龜的背甲顏色較淺，頭部相對較小，眼睛很大，背甲相對比較扁平，有棱突但是並不明顯，鑒別起來比較容易，
日本地龜的身體大致為棕色，頭部的顏色稍稍淡於體色，頭部的兩側與頸部周圍都長有黑色的小斑點。只能看到一條脊棱，棱突起的地方能夠看到一條淺色的黃條紋，有的龜可能沒有。背甲後沿為鋸齒狀。背部還帶有發散狀的溝渠形成的別致紋絡。成年的日本地龜背長大約為13cm~18cm左右。它的身體為灰色偏黃，四肢和尾巴的兩邊帶有菊色和暗橙色的條紋。此龜的身體大於雄龜，但雄龜的尾巴較長。
日本地龜背甲最長可生長至約17釐米，底甲有色彩鮮豔的花紋。背甲板邊緣呈鋸齒狀，背甲呈紅褐色，有顏色暗淡的斑紋，背甲和腹甲之間有鉸鏈位；腹甲呈黑色或黑褐色，腹甲邊緣的顏色是黃色的。
