瞭解硝化細菌如何正確使用，在其使用的過程中一定能少走許多彎路。
1，硝化細菌不能當做殺菌藥物使用，硝化細菌只是可以抑制其他細菌滋生。當魚生病時應該直接對症下藥，不要聽信一些人的話，用高濃度的硝化細菌作治療藥劑，這樣很可能就耽誤了疾病治療的最佳時期。硝化細菌可以在正常養殖中適時的補充，來抑制其他細菌的滋生，從而達到預防細菌性疾病的效果。
2，硝化細菌並無淨水的功效。它只是可以分解氨氮和亞硝酸鹽等對魚有毒害作用的物質;抑制藍藻、裸藻等有害藻類，
3，新水族箱應採取一定措施後再投放硝化細菌。很多人在新購水族箱中加滿自來水後，立即倒入大量硝化細菌，所謂“開缸”，應該知道硝化細菌也需要廢物(氨氮、亞硝態氮)做“食物”，在新水中往往缺少這些物質，造成硝化細菌活化後，由於缺少“食物”而大量死亡，反而影響了水質。空缸培養硝化細菌很慢，可以放一些試水的魚，增加水的活性或者鋪上底泥，使硝化細菌有可以吸收利用的氮元素和其他有機物質，這樣才能促進硝化系統的建立。
硝化細菌是一種用於控制養殖池水自生氨濃度的處理劑，
