正常魚類的身體表皮和內臟都有細菌存在， 而魚類的生活環境也有很多機會與細菌接觸。 因此， 魚體受到外傷或環境突變而使本身抵抗力下降時， 就極容易發生細菌感染。 當細菌感染時， 魚體通常出現紅腫和出血， 起紅色斑點， 爛尾， 鰭潰瘍， 眼朦等等。 由於各種細菌的感染時間與發病程度各不相同， 一定要仔細觀察才能診斷是何種細菌感染， 而大多數是多種細菌混合感染的併發症。 因此。 必須進行細菌分離培養， 才能作出正確的診斷。 也可作抗生素敏感性試驗， 以求獲得較佳的治療效果。
(1)鰓病
①細菌性鰓病：病原菌是粘液菌， 屬於格蘭式陰性細菌。 症狀為大部分皮層組織潰瘍， 鰓充血， 鰓纖維甚至鰓裂也失去， 此病與水質的好壞有很大關係， 水溫升高至28℃或以上時， 酸度和水中有機化合物增加， 就容易發生此病。
治療方法：把病魚隔離， 在水中加新黴素和氯黴素(在每公升水CDu50毫克)連續浸浴7天；
②寄生蟲鰓病：是由指環蟲(Dactylogyrldae)寄生引起。
採用淡水藥浴法處理魚鰓部寄蟲有效而且安全。 用9份淡水配l份海水制成藥浴用水， 保持溫度在26℃， 讓病魚浸浴約1分鐘～29f~。 這種處理方式對體弱敏感的魚， 對因鰓病而厭食數日已瘦弱的病魚都較有效。
治療方法：鰓部寄生蟲還可以用0．01 ppm高錳酸鉀藥浴5分鐘～10分鐘或福馬林1：4000藥浴l小時均有效。
(2)細菌性潰瘍病
病原體是布魯氏菌屬的嗜血菌， 屬於格蘭氏陰性細菌。 如爛鰭、爛尾是很常見的。
病症主要為皮膚潰爛， 特別在顎的邊緣和口的附近。 感染的途徑大多由不潔的食物和水引起。 對成長的魚類與幼魚都會感染， 死亡率則以幼魚為最高。 這種病症通常會與假單胞菌一起混合感染。
治療方法：把病魚隔離用紅黴素、新黴素和氯黴素藥浴7天以上。
(3)敗血症
病原是假單胞菌， 屬於格蘭氏陰性細菌。 這是一種最普遍但對珊瑚礁魚影響最嚴重的細菌性疾病。 此病大多發生在夏季水溫升高， 溶解氧含量低， 飼養密度高的時候。 魚患此病， 尚無適當的治療方法，
治療方法：必須改善環境， 隔離病魚， 在飼料中加呋喃唑酮喂飼病魚。
(4)弧菌病
病原是弧菌， 屬於格蘭氏陰性細菌， 病症隨受感染的魚體而異， 大多是表面皮膚紅腫， 出血， 特別在魚鰭的底部及身體的腹部最為明顯， 診斷顯示：紅血球、血紅素、和血漿溶解岡素都減少， 但白血球則顯著增加。
治療方法：用抗菌素， 以用黃胺類， 卡那黴素或鏈黴素等較好在使用抗菌素治療前，
美國現在多採用口服疫苗， 效果甚佳。
還有一種方法：治療時先把病魚撈到治療箱中， 在1000cc水中加13mg的氯黴素或新黴素， 使魚在治療箱藥浴7天。 這7天內每天抽換一半水， 並使水一直保持原有藥量。 此法治療效果不錯。
(5)結核菌病(TUberculosis)
結核菌病原是魚結核桿菌， (MYcobacteriumpiscium G)結核病是珊瑚礁魚一種相當普遍的疾病。 此病的死亡甚高。 當急性發病時， 1天～2天內可使全部魚死亡而魚體沒有任何症狀。 但急性發病少， 多為慢性發病， 如在體外發病， 症狀是皮膚上有一塊一塊褪色的雲斑， 如在體內發病， 內臟有黃色損傷， 魚發病時呼吸急促， 失去食欲， 經常躲在黑暗的角落裡， 鰭失去光澤並有潰爛、分裂、皮膚上會有瘤、眼睛突出、停浮於水面直至死亡。
治療方法：發病初期， 用四環素治療有顯著的效果。 也可將魚移至醫療水族箱， 在l升的水中加入15克的金黴素或氯黴素， 藥浴3天～4天， 每天換水1次， 病情嚴重的魚應早日隔離， 避免使其它健康魚的肝脾受損， 比較有效的治療方法是用臭氧消毒， 或者用紫外光照射。
