有菌播種也可分為直接播于蘭盆和分離根菌播於培養基2種。
直接播種法
將蘭花種子直接播在母株根部的盆土上。 播前在母株盆面上， 鋪上一層水苔或青苔（最好是苔蘚）， 水苔切碎， 沖洗乾淨， 然後將種子播在水苔上。 利用母株根部的根菌而促進種子發芽和成長。 這種方法簡單， 不需要播種設備， 也無複雜的技術。 但是蘭花種子過小， 肉眼不易看到， 發芽時間很長， 容易因一時疏忽將種子或幼苗沖掉或損壞；而且種子發芽率低（一般不超過10％）， 成苗率更少， 故通常很少使用這種方法。
接種根菌的播種法
將蘭花根部的根菌先分離出來，
然後和種子同時播在培養基內。
這是認為根菌能促進種子發芽和幼苗成長。
這種方法現今很少人使用，
因為分離根菌、保存和復壯根菌都是很麻煩和複雜的工作。
而不用根菌，
只要培養基合適也能獲得成功。
播種的方法與無菌播種一樣。
