水草經過消毒之後,為了使種植後的水草能夠順利成長,以及避免將藻類引進水族缸,必須事先給予妥善的修剪。
市場上銷售的有莖水草通常都還未長出根,在買回種植之前,如果莖節下部保留太長,栽種後莖節沒有栽入砂層中,可能會使栽入的部分發生腐爛,而讓植物體從底床脫離,並浮在水面之現象。因為有莖水草的根主要是從莖節長出來的,
凡是無莖的根生水草,都要把大部分的鬚根剪掉。能不容易把它的莖節栽入砂層中。凡是無莖的根生水草,都要把大部分的鬚根剪掉,因為大部分的根都會枯萎而長出新根。另外,某些蓮座生的無莖水草,如皇冠草,其根部經過修剪後,在種植時,也較為便利。