沒長期親自接觸卡箱的人，要能分辨東部箱龜與三趾箱龜並不簡單，在我買賣的過程中，曾多次接洽所謂賣東部箱龜的賣主，而往往看到時才發現是很漂亮的三趾箱龜，並非東部箱龜；也曾詢問過周遭玩爬蟲的龜友，他們往往只能認定“漂亮或豔麗=東部箱龜”，而事實上並非如此。
三趾箱龜顧名思義，後爪為三爪，但亦有四爪，甚至有一邊三爪另一邊四爪；而最不容易分辨則是三趾箱龜的殼花紋，可從兩方面來說，一是底色二則是放射性花紋。底色由淺褐色到深咖啡色都有，而放射性花紋亦是淺褐色到深咖啡色，
至於頭的肉色，有可能單一色系例如紅色或橘色，甚至有紅黃橘白等顏色混雜。至於頭型，具我觀察東部箱龜的頭似乎比三趾箱龜大些(以同等大小來說)，而成熟公東部箱龜的頭型比公三趾箱龜要來的方扁些。至於體型方面，東部箱龜一般比三趾箱龜要來的大，整個殼型也是有差別，但那要親眼比對才容易看出。
