水中生物的排泄物、屍體等及有機會在水族箱底層沉澱， 這些殘骸到最後都被微生物異營性細菌分解了，
異營性細菌的排泄物（氨和硫化氫）， 它們都是有劇毒的， 並且會在水中沉澱， 積累（主要指氨， 硫化氫不穩定很容易被氧化）。 當濃度超過安全量， 就會將魚毒死。
氨對魚類的毒害反映非常強， 他是亞硝酸鹽的十倍， 在濃度很低的水體中， 就可以使許多魚類產生中毒症狀， 甚至死亡。 氨對魚類的毒害情形根據濃度和魚類的不同而不同。
在0.01-0.02ppm的濃度下：魚類可以忍受一段時間， 但長期下去也會慢性中毒會干預魚類滲透調節系統， 破壞魚鰓的粘膜層， 減低血紅素攜帶氧氣能力。 魚類症狀表現有， 如常在水面喘氣， 鰓轉為紫色或暗紅， 比較容易瞌睡，
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