許多人認為黑毛藻是各種藻類中最難以對付的，水族箱中爆藻不但有礙觀瞻，對於觀賞魚健康也非常不利。需要根除黑毛藻經常出現的位置有：沉木、篩檢程式口、底砂等。
一、黑毛藻產生的原因：1、水體的PH和硬度過高2、進入水體的殘餌過多；3、魚類過多；4、加入草缸的液肥組成不合理，導致元素失衡；5、長時間不換水，導致養分積累；6、過濾能力不足。
二、黑毛藻的解決辦法如下：
1、生物治理，買黑線飛狐入缸，以每1條/200-300mm缸體為單位，比如你的缸子長度是400mm,放入1-2條，以身體滾圓、體型優美、個頭較小的為好品相，過大的黑線不喜歡幹活。
2、改善水質，黑毛比較容易發生在PH和硬度較高的水體中，以提高CO2溶解效率、軟化水來降低PH和GH是必須，一般認為PH在6.5左右，GH在8左右較好。
3、到水族市場不要兼收並蓄，看什麼魚都喜歡，什麼都往缸子裡面放，永遠記住，草缸的主角是草，魚類只是點綴。
4、停止使用劣質肥料，有些劣質肥料由於養分配比不佳，是造成黑毛爆發的誘因。
5、改善水質，加強過濾。
6、使用戊二醛，但這個方法屬於化學治理方法。
