飼養過水族生物或者對水族有所瞭解的朋友，一定會聽過“硝化菌”一詞。狹義的“硝化菌”指微生物各項功能中對於硝酸系列的硝化作用，而忽略了其他各項功能的微生物。將纖維素等化合中的水氧基，以硝酸機制換為硝酸酯，而硝化菌就是將阿摩尼亞經由亞硝酸，氧化為硝酸的反應稱為硝化作用。
我們知道，水族箱中的水質惡化，大多歸咎於投餌過多沉澱腐爛，或魚只糞便未予吸出換水等，導致浮游生物、有害微生物(含病源體)異常繁殖，以致浮游水中的藻類光合作用及厭氧性細菌繁殖，進而演變成危害缸中魚蝦的氨、亞硝酸、硫化氫等濃度增加。當水質惡化時，不能依賴藥物控制抵銷，因使用藥物反而破壞水缸的生態平衡。
研究顯示，水缸中擔任分解過濾的微生物，可分為兩大類：依賴氧氣生存的嗜氧性微生物，與不需氧氣的厭氧性微生物。
EM以生成抗氧化物質進行中繁殖，同時接連不斷的分解有機物而不釋出人們討厭的臭氣，將物廢物分解且形成回歸自然的有用元素。其功能與PM相反。生物體所含物質(糖、蛋白質、脂肪等)、殘餌、殘葉等在水中少部分由生物代謝外，大多數含有毒性的污染物(氨、亞硝酸、硫化氫等)仍依賴有益的、有效的微生物予以分解利用轉換為低毒性的硝酸鹽，因此，EM可說是水族中的清道夫。
