營造優質良好的水環境，簡單來說就是保持良好的水質。這就需要瞭解以下問題：水質為什麼會惡化？如何能去除水中的有害物？
一、認識水質惡化的過程：
水中的生物代謝產生了有機廢物和無機廢物，還有水體外界帶入的灰塵和其他垃圾（如落葉等）。可分為有機污染源（影響美觀）和無機污染源（影響水的酸鹼度和硬度）。
有機廢物：主要是糞便、死亡的水生動植物屍體、落葉，還包括微量的細菌的屍體、尿液中的有機物、從空氣中落入的孢子等。有機廢物本身在水中本來對水體的水質影響不大，主要是使水變得比較多較大的固體顆粒物，
無機廢物：主要是代謝過程中產生的無機鹽類和空氣中的灰塵，對水質的酸鹼度和硬度有一定的影響。但由於量很少，所以不會對水質構成很大的威脅。
水質惡化主要原因：
有機廢物被消化細菌分解成毒性較強的氨。氨在水中化合成毒性較強的銨。隨著銨濃度的增加，水會發臭甚至刺鼻，對水中的動物有致命的影響。有機廢物還是很多至病菌類的溫床，很多至病菌類都以有機廢物來繁殖生長的，這些至病菌類的濃度增加到一定程度將使水生生物患病以至死亡。
無機廢物中也有帶毒性的鹽類，在分解有機廢物的時候會有大量無機廢物（亞硝酸鹽等）產生，他們會對水中的生物帶來危害。
二、如何利用過濾系統淨化水質：
1、在過濾系統中完成水質淨化的過程：
第一步：水中有機垃圾被淨水細菌分解將會轉變為氨，氨在水中轉化為銨。
第二步：生存于水中的硝化細菌（亞硝酸菌屬細菌）能通過氧把銨會轉變為亞硝酸鹽；硝酸鹽雖然毒性教低，但高濃度的話有致命的毒害。
第三步：亞硝酸鹽之後又被第二種硝化細菌（硝酸菌屬細菌）轉變為硝酸鹽；而硝酸鹽幾乎是無毒的，但突然或長期暴露在高濃度的硝酸鹽裡是有害的。
第四步：硝酸鹽會被厭氧性細菌（反硝化細菌）變為氮氣而昇華。
經過上述過程後，飼養水體就保持了較好的水質了。
2、過濾系統中各種細菌的特性和影響過濾系統菌群的因素：
消化細菌又叫淨水細菌，是一種好氧性細菌，屬於異營性細菌的一類，是指能把水中有機垃圾分解轉變為氨（NH3）的細菌群。氨在水中會與氫離子合成銨（NH4）。淨水細菌依靠分解有機垃圾來生存繁殖。分解有機物，不是硝化細菌能完成的，是靠其它淨水細菌完成的。因此，淨水細菌被視為是水質自淨作用的先鋒部隊，其重要性並不亞於硝化細菌。
硝化細菌俗稱A菌，是一種好氧性細菌，屬於自營性細菌的一類，包括兩種完全不同代謝群：亞硝酸菌屬及硝酸菌屬。
亞硝酸菌屬細菌以銨作為“食物”，通過把銨和氧化合所生成的化學能使其生存。銨被亞硝酸菌屬細菌吸收利用後，將其氫原子氧化成水，用氧取代之，把銨變成水和氧化氮，後者化學家稱為「亞硝酸」。
硝酸菌屬細菌的主要“食物”來源是亞硝酸，通過把亞硝酸和氧化合所生成的化學能使其生存，把亞硝酸和氧化合轉化為硝酸。
硝化細菌的特點： 過多的有機物將會抑制硝化細菌的生長和繁殖，硝化細菌是好氧菌，在缺乏氧氣的環境裡硝化細菌根本就無法高效率地處理氨和亞硝酸鹽，甚至造成硝化細菌的生存危機。硝化細菌對光線厭惡，亞硝酸菌對近紫外線的可見光非常敏感，紫外線更使硝化細菌死亡。
反硝化細菌是能將硝酸氮（NO3－-N）被還原為氣態氮（N2）的細菌群，反硝化細菌是一類異養型兼性厭氧細菌。他門通過硝酸氮（NO3－-N）作為電子受體進行厭氧呼吸把氮還原，正是反硝化細菌的作用使得自然界的氮迴圈得以正常進行。
根據各種有益菌群的特性，只有能提供合適的環境，才能使各種有益的菌群在過濾系統發揮理想的作用。水中的細菌要求一定的生存條件，主要是氧濃度、溫度、酸鹼度和營養。
氧濃度：好氧菌類在缺氧的環境下會快速死亡，死亡後就成為有機廢物；厭氧菌類在缺氧的環境中才能較好地生長繁殖。所以，過濾系統中最好能設置有氧區和無氧區，先在水中含氧量大的區域（通常是前面部分）放好讓好氧菌類（消化細菌和硝化細菌）生長繁殖的濾材，經過好氧菌區域後，水中的含氧量會劇烈減少，在進入相對的“無氧區”內時水中的無機廢物就可以被厭氧菌類利用了。水經過完整的過濾後需要用氣泵增氧後再返回主缸體。
溫度：所有細菌都需要一定的溫度條件下才能正常生長繁殖。硝化細菌合適水溫在20~28度，超過這個範圍時他們代謝作用變得比較緩慢；溫度低於5度或高於42度就停止代謝作用。水中的其他細菌同樣要在一定的水溫下才能正常生長繁殖，一般要求水溫控制在20~30度代謝才能比較旺盛。所以，在冬季水溫較低的時候，各種細菌群的代謝減慢了，有機廢物的腐化分解過程就會比較慢，水質的惡化也就慢了，但整個過濾系統的菌群依然能處於平衡狀態。然而，隨著水溫上升，細菌代謝慢慢恢復正常，有機廢物的腐化分解速度會增加，水質的惡化速度就增加，消化細菌的生長繁殖週期要比硝化細菌快上百倍，春季水溫剛回暖時消化細菌開始大量生長繁殖的時候，硝化細菌還沒有能及時增加，水中的銨未能及時被分解而導致銨濃度的增加；所以在初春的時候是各種至病菌和銨濃度較高的，是各種水生動物疾病的高發時期。
酸鹼度：硝化細菌一般要求在PH6.5~8.5的水體中才能正常生長繁殖。
營養：消化細菌的生長繁殖需要以有機廢物作營養來源；硝化細菌的生長繁殖離不開銨。
另外，水中加入抗菌類藥物後，會使水中的菌類失衡破壞原有的各種細菌群。
經過好氧菌區域後，水中的含氧量會劇烈減少，在進入相對的“無氧區”內時水中的無機廢物就可以被厭氧菌類利用了。水經過完整的過濾後需要用氣泵增氧後再返回主缸體。溫度：所有細菌都需要一定的溫度條件下才能正常生長繁殖。硝化細菌合適水溫在20~28度，超過這個範圍時他們代謝作用變得比較緩慢；溫度低於5度或高於42度就停止代謝作用。水中的其他細菌同樣要在一定的水溫下才能正常生長繁殖，一般要求水溫控制在20~30度代謝才能比較旺盛。所以，在冬季水溫較低的時候，各種細菌群的代謝減慢了，有機廢物的腐化分解過程就會比較慢，水質的惡化也就慢了，但整個過濾系統的菌群依然能處於平衡狀態。然而，隨著水溫上升，細菌代謝慢慢恢復正常，有機廢物的腐化分解速度會增加，水質的惡化速度就增加，消化細菌的生長繁殖週期要比硝化細菌快上百倍，春季水溫剛回暖時消化細菌開始大量生長繁殖的時候，硝化細菌還沒有能及時增加，水中的銨未能及時被分解而導致銨濃度的增加；所以在初春的時候是各種至病菌和銨濃度較高的，是各種水生動物疾病的高發時期。
酸鹼度：硝化細菌一般要求在PH6.5~8.5的水體中才能正常生長繁殖。
營養：消化細菌的生長繁殖需要以有機廢物作營養來源；硝化細菌的生長繁殖離不開銨。
另外，水中加入抗菌類藥物後，會使水中的菌類失衡破壞原有的各種細菌群。
