CO2就是二氧化碳系統主要目的是為了讓水族箱內的水草獲得更充分的光合作用，因為二氧化碳可以加速水草的生長速度。CO2培養箱一般配一個水盤，用以維持很高的濕度。水盤內的水要定期添加，水盤也要定期清洗以避免微生物的生長。
為了減少微生物的污染，有一些CO2培養箱提供滅菌功能。有的可以加熱到比較高的溫度來滅菌，有的則通過讓空氣迴圈通過一個紫外線腔體的辦法來滅菌，這樣就滅菌時就不需要中斷細胞的培養。
CO2培養箱的隔熱採用水模式和氣模式兩種類型。氣模式採用隔熱系統和表面散熱元件使培養箱內溫度均衡，但是因為外部電熱系統分佈不均衡可導致培養箱內上下溫度不一至，溫差相對較大。水模式需要使用者在安裝培養箱時培養箱壁的空間內灌入大量蒸餾水。由於水的比熱容很高，水模式的優點是有助於均勻散熱和避免形成冷區，
為了避免污染，一般的細胞培養需要在超淨臺上進行。用於細胞培養的超淨台的潔淨度一般為100級，即每立方英尺中大於0.5um的顆粒數量少於100顆，與電腦硬碟的生產環境要求相當。在超淨台內，過濾後的空氣垂直由上到下，或水準由內到外穩定的流動，從而維持一個潔淨的操作環境。根據氣流的方向，超淨台可分為垂直式層流和水準式層流兩種類型。
