兔子的食物消化非常複雜，而且每一種食物的消化過程也不完全一樣。舉例來說，斷奶後的兔子，小腸消化果糖的能力增加，但消化其他糖類的能力則會減少。所以，一隻成熟的兔子，可以輕易地消化水果中的糖分(也因此很容易變胖)，但糖果中的糖分卻會讓同一只兔子生病不舒服。
這是因為無法消化的糖類和澱粉，會堆積在盲腸，如果量很大的話，這些物質會促使製造毒素的細菌生長，而使兔子生病。
成兔在小腸中吸收蛋白質達90%，但還是依蛋白質的來源而定。在大豆中的蛋白質很容易吸收，
兔子很難消化細胞膜質(纖維素)。這點對一個以素食維生的動物來說，似乎有所矛盾，但這卻是自然法則的一部分。纖維的低消化性，能將大量難以消化的微粒快速排出，讓兔子有能力大量進食，維持高度的食物吸收量。
微粒的大小和運送的時間
可消化的纖維，不論是從樹皮上撕下，或是混在食物中的，都能消化，但是纖維的大小和種類卻可以影響它經過腸胃系統的時間長短。和你所期待的相反，大的微粒並不會在兔子體內阻塞，小的微粒也不一定能比較容易排出，只是時間不同而已。微粒在腸胃系統中運送的時間，曾以數種不同的科學方式做過測量(把測量器放在食物中)。
同樣高纖的食物，如果做成一釐米大小，則需要15.9個小時經過整個消化系統。低纖高澱粉的顆粒狀食物，則需要20.1小時。為什麼比較小的纖維和高澱粉的食物，所需的時間比較長呢?因為小的微粒和過量的澱粉會被送到盲腸發酵，所以需要更多的時間。流體和小的微粒會在結腸分離，然後回到盲腸(但大的微粒卻能輕易地通過結腸)，一項研究曾用五釐米大小的微粒來作測試，結果只經過5個小時便排出體外。而五釐米大小則剛好大約是乾草中微粒的大小。
