爬蟲類動物的消化系統與其它的哺乳動物有一定的區別,它們的消化道與哺乳動物比起來要短很多。
一、胃腸道
爬蟲類和鳥類都缺乏嘴唇和前肢的協助,所以只能借由下顎,有時甚至要靠舌頭來協助採食。咀嚼的行為會因品種差異而有所改變,但無論如何都遠比哺乳類的咀嚼行為要少得多。爬蟲類為了要提供食物的潤滑度,口腔內分泌腺的發育相當複雜。許多蛇類則將這樣的腺體特化為像是杜氏腺的毒液腺,可以防止獵物逃脫或移動,也可避免對其脆弱頭骨可能的損傷。
爬蟲類的胃部較小,胃內會分泌鹽酸,鹽酸的功能除了可以預防食物腐敗之外,還可以進一步殺死獵物,並且能協助將食物中的骨質成分進行脫鈣作用。
二、爬蟲的泄殖腔
爬蟲類的直腸末端為一囊狀構造,稱之為泄殖腔。泄殖腔是由以下幾個部分組成:糞竇、尿竇以及肛竇。位在較前側的腔室是糞竇,功能為收集糞便;位在中間的腔室為尿竇,
對生存在沙漠中的爬蟲類來說,泄殖腔在水分保存上扮演了很重要的角色。通常食物會在下消化道停留一小段時間,此時是結腸對其內容物進行必要水分吸收的最好時機;而尿液則會在泄殖腔進行水分吸收。最後排出的糞便內容物將僅剩一些無法消化的物質,如毛髮、喙、爪、卵殼、幾丁質殘餘物還有一些部分消化的草類等等。
爬蟲的消化速率和溫度有著較大的關係
三、植物的消化
一般來說,植物含有許多無法消化的物質,像是纖維素、木質素等,而且植物本身也並不適合一般的消化液去作用。所以爬蟲類必須利用包括機械性破壞及與微生物協同作用等方式來協助消化。草食爬蟲類會利用牙齒和下顎機械性地研磨食物,大腸內的微生物則可使食物發酵並降解成揮發性脂肪酸。
對它們來說,食物中的纖維對腸道運動十分重要。比起同體型的肉食爬蟲類來說,攝取的食物量較多,也偏好新長出的嫩葉,原因可能是蛋白質含量較高且交易消化。比起肉食性來,草食爬蟲類的消化銷量明顯較低。
四、爬蟲的餵食頻率
爬蟲類不像是其他恒溫動物需要大量熱量以維持體溫,所以只需要鳥小部分能量便得以存活。低代謝率和高食物利用率讓它們進食的間隔得以拉長很多。影響它們餵食頻率的因素也包括了溫度、體型、生殖狀態、健康狀況以及季節變化等。
五、消化力
爬蟲的消化速率與溫度有很大的關係,