在蚯蚓養殖過程中，蚯蚓飼料（家禽糞便、酒糟、蔗渣、剩餘飯菜、廢血和動物內臟等）的發酵處理是個關鍵，如飼料沒有發酵或發酵不徹底，將產生有害氣體，酸鹼度過高或過低，都可能使蚯蚓逃逸、不產繭甚至死亡。利用EM原液對糞料進行發酵處理，糞料發酵時間大大縮短，異味降低，而且飼料發酵好以後，pH值自然會達到6.5--7.5，不必調節，直接就可以飼喂，飼料利用率大大提高，蚯蚓產繭多，繁殖快，產量提高2--3倍。方法如下：
（一）架堆 用稻草、秸稈（裁成小段更好）先鋪一層（厚10--15釐米）幹料，然後在幹料上鋪糞料（4--6釐米厚），如此重複鋪3--5層，
（二）翻堆 在氣溫較高的季節，一般第2天堆內溫度就會明顯上升，4--5天可升至60--70℃，以後逐漸下降，當堆內溫度降至40℃時（這個過程需12天）則進行翻堆，把上面翻到下面，兩邊翻到中間，並再加入EM稀釋液。冬天翻堆2--3次，夏天翻堆1次。
（三）投喂 飼料發酵結束後，扒開飼料淋水散熱後即可使用，投喂時一般採用上添法和側喂法，上添法就是把飼料鋪蓋在原有已被蚯蚓吃過的飼料上，每10--15天進行1次；側喂法就是取出部分已吃完的飼料再把新飼料添在一邊，
