水質因數對養殖成敗的影響，越來越引人注意。當水質良好時，病原菌少，養殖魚類的生長自然良好。反之，水質條件差，有毒物質累積，病原菌多且致病力強，養殖魚類便容易受到侵害。如果能在水族缸中有選擇性地投入一定劑量有利水質改善，或能迅速分解有機污染和有害物質之微生物製劑，使水質得到改善，病原菌的活動受抑制，魚類自然就可以健康地生活，而讓我們真正享受到美好的養殖樂趣。
五、使用微生物製劑益處多
1.增加水體透明度：在水族箱中，許多情況的渾濁問題，都是由於有機污染引起的，
2.氨及亞硝酸鹽含量降低：氨及亞硝酸鹽含量是判斷養殖水體污染程度的重要指標，它們含量若超過直接或間接影響養殖魚類所能忍受的濃度，將很容易對魚類造成意外傷害。使用相關的製劑（如：硝化細菌製劑），能夠有效降低氨及亞硝酸鹽的濃度值，通過觀察魚類的攝食行為及活動狀況，可以發現有添加製劑對魚類的健康生活似乎較有保障。
3.增加光合作用的效率：微生物製劑可提高水體的透明度，使光透入水的深度增加，水草光合作用的效率會增大。
4.預防細菌性魚病：微生物製劑通過改善水質，可減少和降低細菌性魚病的發生，而且在代謝過程中，可能產生的具有抑制或殺死其它病原菌的抗生素，或藉由生物種群生態間的競爭，使病原菌的生長及繁衍因營養缺乏受到抑制，進而達到預防水產疾病之目的。
5.有助水草的生長：微生物製劑通過對有機物的分解作用，會產生不少二氧化碳，及其它水草所需得無機養分，因此也會影響水草的生育。有些產品還可以分解水中底床中的腐殖質，
六、使用時機及注意事項
微生物製劑的使用時機，並非僅定位在“救急”之上，即我們不能像治療性藥物一般，只希望在養殖動物健康危急時再添加，應該養成在日常水質管理中，作定期或不定期添加，或在使用治療性藥物之後添加，以便在水環境中累積微生物數量，進而能有足夠的消除污染物質的緩衝時間，如此方可防患於未然。
微生物製劑也不宜濫加，除了浪費之外，也可能造成反效果。舉例來說，有些粉末狀微生物製劑（主要是異營性細菌及真菌）是以糊精、米糠麩、黃豆粕和黃豆粉為載體（carrier）的產品，如果加太多，因添加的載體會轉為另一種形式的有機污染，
還有，如果水體中已經沒有專一性的污染問題，那麼相關的微生物製劑寧可不加。例如：水族箱中的硝化系統已經建立，且氨及亞硝酸鹽的檢測值都在安全範圍之內，此時可以不必再添加硝化細菌製劑，否則徒增浪費。
最後需注意的是，由於微生物製劑有菌種的變異和製作技術等問題，產品品質良莠不一，最好選擇有較好技術和設備的廠家的產品為佳。同時在使用過程中，不能與治療性藥物一起添加，因為許多治療性藥物均具有殺害微生物的成分。
