使用藥物防治魚病過程中，常常發生效果不佳，甚至魚類疾病更嚴重而導致死亡的現象。究其原因，主要有以下幾種情況：
1、藥物失效：魚病防治用藥，特別是漂白粉、生石灰易受潮失效，因此在使用前要看性狀。漂白粉應為乾燥塊狀粉末，生石灰應為塊狀。必要時漂白粉要測定有效氯。平時，藥物應按規定妥善保管，超過保質期的藥物避免使用。
2、水質過肥，降低藥效：有些藥物如硫酸酮，按常規使用時會與水體中的豐富有機質、礦物質等發生反應而被消耗，從而降低防治效果。
3、病原具抗藥性：魚類病蟲害對藥物長期的襲擊會產生抗藥反應，
4、用藥量不足或過量：用藥前水體體積計算與稱藥量不准是造成用藥不足與過量的主要原因。藥量不足時池水達不到所需濃度，造成防治效果不佳。藥量過多時會超出魚類忍受限度，造成魚體損傷或死亡。
5、用藥療程不足：有些魚病在使用藥物一個療程後並不能起到滿意的效果，而需要使用兩個或更多個療程。若療程不足，病蟲害殺滅不徹底，就會出現治癒率低或該病再次復發現象。
6、藥物溶解不完全：固體藥物要按要求充分溶解，不能有顆粒或塊狀物存在，
7、未對症下藥：盲目亂投藥是防治魚病的大忌。這樣既達不到防治病害的目的，又會造成浪費，甚至還會起副作用。
