綠水是水中綠藻過度繁殖引起的，不是陽光直射一個原因，沒有陽光直射也能引起綠水的發生。綠水常發生在建缸初期，由於硝化系統還沒建立起來，在光照、溫度、有機物、無機物的共同作用下，水中綠藻大量繁殖，引發綠水。
老缸發生綠水有一個原因是清洗過濾材料時，把過濾材料全部清洗，使硝化菌無法存在，引起硝化系統的崩潰。
綠水初期，水呈淺綠色，過一段時期後呈深綠色，這時如不處理，將會發展成暗綠色，魚就有危險。原因是這時大量的綠藻與魚共同奪氧後使魚缺氧。再不處理，就會在某天清晨，
綠水發生後怎樣處理呢？
有的魚友不斷的換水，但換水後嶄時水清些，幾天後水還變綠。有的人甚至翻缸處理，但過段時間水還會綠。原因是綠藻的繁殖速度是驚人的，它們以幾何的倍數滋長。
有的魚友在缸中放清苔鼠、清掃夫等工作魚，但綠藻和綠苔是兩個概念，工作魚對綠藻引發的綠水無效。
有的魚友在綠水里加清藻劑、淨水劑等化學藥品，但你如果買的是偽劣或過期的，會適得其反。另外化學藥品制標不制本， 所以要慎用。
用紫外線殺菌燈滅藻效果不錯，
最根本的解決辦法，就是在缸中建立強大的硝化系統，仰制和消滅綠水的形成。硝化系統建成的時間，一般15-30天，在沒有建成前發生綠水，要少餵食、勤換水、減少光照或不開燈同時進行。過十幾天後，綠水會逐漸變清，缸水特別透亮。
生化過濾要注意以下幾點：
1生化材料要占水體總量的2%以上，以形成強大的硝化系統。
2硝化菌是喜氧菌，所以迴圈水泵24小時常開不停。
3水泵流量每小時迴圈缸水3-5倍以上。
4生化材料要避光。
5成品缸上濾盒容量小，可以做生化桶或反氣舉，彌補上過濾的不足。
