錦鯉生命力較強而較少發病，但要做好養殖池和魚體的消毒工作。定期施用生石灰，敵百蟲等，對發病魚應及時診斷和治療。其常見病的治療如下：
1、腸炎病。病魚食欲降低，行動緩慢，常離群獨遊，魚體發黑，腹部膨大，肛門外凸紅腫，擠壓腹壁有黃紅色腹水流出。防治可在餌料中每千克拌入0．2克磺胺脒投喂病魚，連續5天。對發病嚴重不攝食的魚，可腹腔注射卡那黴素500--1000國際單位，3--5天即可。
2、水黴病。病魚體表演或鰭條上寄生有灰白色如棉絮狀的菌絲。口服維生素E，每10千克魚體重每天用0.4--0.6克投喂，可增強抵抗力，
3、豎鱗病。病魚體表粗糙，鱗片豎起，鱗基水腫。防治方法：①用2％食鹽水溶液浸洗魚體5--15分鐘，每天1次，連浸3--5天。②磺胺嘧啶內服：先把病魚養在0．5％食鹽水中，停食2天，移入清水中，每尾魚投喂0．2克，隔天1次，連服5次。
4、小瓜蟲病。病魚體表、鰭條和鰓上有白點狀的囊泡，嚴重時病魚全身皮膚和鰭條佈滿白點和覆蓋著白色的粘液。可用10--15毫克升的福馬林加1--2毫克／升的亞甲基藍全池潑灑，隔天1次，連用2--3次。
5、指環蟲病。指環蟲寄生於魚的體表和鰓絲上，鰓瓣浮腫，灰白色。防治可用0．2--0．4毫克／升濃度的晶體敵百蟲溶液全池潑灑。也可用0．2毫克／升濃度的高錳酸鉀溶液浸洗魚體，時間10--30分鐘。
