一、腐爛病
腐爛病是一種感染性的病害，病原屬於一種細菌。此病菌感染水草後，葉片上起初出現水漬狀褐斑，後漸發黃，乃至全株葉片呈纖維狀溶于水中，若與健康葉相接觸，很快就會傳染。導致此病發生的原因，主要是水草在運輸途中，因溫度過高，促使細菌滋生而感染。購買者買回水草時，將感染疾病的植株混雜在健康植株中。如果不及時清除，就植於水箱中，病菌很快會傳染開來。
防治此病的方法，一是要及時剪除感染疾病的葉或莖。若是叢生型水草，去掉病葉後，隔開放在另一容器裡，並觀察其發病的進展，
二、水羊齒病
水羊齒病主要發生在鐵皇冠、黑木蕨等水生羊齒類水草的葉上，病原也是一種感染性的細菌。被感染的葉類或邊緣部分，呈現半透明狀的淺褐色斑塊，與健康植株接觸後，易於感染。發生此病的原因與水溫偏高有關。故防治此病就時應及時剪除病葉，然後降低溫度至20℃以下為宜；並精心養護，以增強植株本身的抗病能力。
三、椒草病
椒草和其它水草相比，因植物體抗病力較差，而容易感病。病原是一種細菌。感染疾病植株的葉片邊緣或尖端，呈現出半透明狀的淡褐色斑塊，以後慢慢地溶于水中。
防治此病的方法主要有降低水溫，並頻繁地換水，去掉病葉或病株，減少病原。因水箱內有魚類等生物，水草發病不宜採用藥物治療。
