飼養者需要注意，錦鯉魚也是會生病的。受到環境、飲食的影響，錦鯉魚也容易患爛鰓病、小瓜蟲病、爛尾病等等。在飼養錦鯉的過程中，家長一定要學會一些治療錦鯉魚疾病的方法，以便於及時挽救錦鯉魚的生命健康。
第一，治療錦鯉魚的疾病可以使用口服藥物的方法，當然首先需要選擇對的治療藥物。這種治療方法常用於治療營養失調及細菌性疾病與魚體內部疾病。經常使用的藥物有營養素、磺胺類、抗生素。飼養者可以將這些藥物直接溶于水，然後透到粒狀飼料中或混合揉捏後投喂給發病的錦鯉即可。
第二，如果錦鯉魚患上細菌性的外部疾病，那常用的治療方法就可以選擇藥浴法。此外，也可利用鰓或皮膚組織的吸收作用治療細菌性的內部疾病。經常使用的藥浴藥物有敵百蟲、高錳酸鉀等，這種更適用於短時間藥浴。此外，食鹽水、福馬林、抗生素等則比較適用於長時間藥浴。
第三，飼養者還可以使用注射法來治療錦鯉魚的疾病。採用注射抗生素的治療方法主要針對於錦鯉魚的各類細菌性疾病。一般採取肌肉內注射或腹腔內注射，對錦鯉魚身體吸收藥物更為有效、直接。
需要注意的是，在給錦鯉魚藥浴的時候，飼養者一定要注意藥浴的濃度，避免由於藥浴濃度過高而危害錦鯉的生命。此外，給錦鯉魚使用藥物之間，最好能資訊專家的建議，避免用藥錯誤威脅到錦鯉魚的生命安全。
