光合細菌、硫化細菌、鐵化菌

光合細菌， 是一種以光為能源的厭氧細菌， 包括紫硫菌， 紫色無硫菌， 綠硫菌和綠色無硫菌。 光合細菌是以水體中的氨態氮、硫化氫、單糖、醇類、有機酸、氨基酸等低分子有機物為營養， 構成自身的物質進行生長、繁殖， 從而達到淨化水質的作用， 由於光合細菌屬於厭氧菌， 所以在缺氧的砂層中淨化作用更加明顯。 在條件適宜的環境中， 光合細菌菌體重量增加一倍的時間僅需半小時， 因此利用光合細菌淨化水質和底砂可以收到立竿見影的效果， 目前市場上出售的光合細菌主要是紫色無硫菌，

它包括莢膜紅、沼澤紅、球形紅菌等。 現在市場上又出現了綠色的光合細菌， 主要為綠色無硫菌。 將紅色光合細菌與綠色光合細菌合併使用效果更佳。

硫化細菌：在魚的食物殘餌、糞便以及水草殘片中還含有硫， 硫會產生具有臭雞蛋味的硫化物， 在氧氣充足的條件下， 硫化細菌會將這些硫化物氧化成硫酸鹽、水和自身能量；在缺氧條件下， 厭氧菌會將硫化物轉變成有毒的硫化氫氣體。 因此保持水族箱內充足的氧氣和適時添加硫化細菌製劑是十分重要的。

積磷菌在繁殖後代之前， 需要在體內積聚大量的磷作為能源， 這樣水體中的磷就轉移到了積磷菌體內， 當水體環境缺氧時， 處於壓抑狀態的積磷菌會將體內的磷重新再釋放到水中。

人們根據積磷菌的這一特點， 在水族箱以外， 設置一個厭氧篩檢程式， 在那裡積磷菌會將體內的磷釋放出來， 當積磷菌再次回到水族箱時， 由於氧氣充足、環境適宜， 它們又會將水體中的磷吸到體內， 這樣往復迴圈， 水族箱中的磷就會逐漸減少。 還有一點， 厭氧濾器中繁殖有厭氧細菌， 厭氧細菌的產物有毒害作用， 且有臭味， 加之硫化氫和鐵鹽的作用， 使水色變黑， 所以應該及時排除和更換厭氧濾器中的沉澱水。 厭氧濾器可讓積磷菌在這裡排磷， 也可以進行反硝化作用， 進行脫氮反應。

鐵化菌廣泛存在于自然水域， 有的井水呈鐵銹色， 這就是鐵細菌在繁殖的過程中， 將二價活性鐵氧化成水草不能吸收利用的三價鐵的緣故，

只要水中含鐵量達到 0.02毫克/升以上時， 鐵細菌就可以進行繁殖， 鐵細菌不但會使水中的鐵氧化， 而且也能使錳氧化， 自來水在生產過程中已經把鐵細菌殺死了。