高錳酸鉀溶液具有很強的殺菌、消毒作用，用於防治多種種苗病害效果很好，無毒、無殘留，又可作微肥防治苗期猝倒病、立枯病、霜黴病、軟腐病、枯萎病、根腐病、病毒病等病害效果很好。浸種消毒：可用0.3％至0.5％的高錳酸鉀溶液浸杉、松、桉、樟、油茶、楠、木荷、茶葉、毛桃、枳殼等種子；或用0.1％至 0.2％高錳酸鉀溶液浸大豆、花生、玉米、番茄、西瓜、黃瓜、茄子、甜瓜等蔬菜和瓜類種子。一般浸泡2至3小時，用清水洗淨陰乾後播種，能消除種子所帶的病菌，促使發芽迅速，生長整齊。
噴霧或灌根：
1．幼苗猝倒病。多發生在4至6月，對松、杉、樟、楠、桑、榆、桉、椿、樺、銀杏和果樹花卉苗木，
2．幼苗枯萎病。防治瓜類、豆類、茄果類蔬菜、花卉枯萎病，效果好於托布津、敵克松等農藥。一般在大田發病初期，用高錳酸鉀800至1000倍液全田逐株灌根，每株用藥150毫升，每隔5至7 天灌一次，連灌3次，能取得顯著的防治效果。
3．防治病毒病。辣椒等茄果類蔬菜花卉發病初期，用高錳酸鉀 600至800倍液，西葫蘆等瓜類用1000至1200倍液對全株進行噴霧，每隔5至7天噴1次，連噴3至4次，可控制病毒病的蔓延。注意在防治病毒病前，應先對植株上的刺吸式口器害蟲，如蚜蟲等進行防治，阻止蚜蟲帶毒傳染。
4．防治霜黴病。高錳酸鉀防治蔬菜、花卉霜黴病的效果明顯高於百菌清、代森鋅等農藥。如黃瓜在出苗後至2葉1心至結瓜前用高錳酸鉀600至800倍液噴霧，每隔5至7天一次，連噴4次，可防止霜黴病的發生。在出現中心病株時，用高錳酸鉀600倍液連噴3次，具有良好的防治效果。
5．防治十字花科蔬菜軟腐病。羽衣甘藍及大白菜的苗期和蓮座期，用高錳酸鉀600至800倍液噴灑3至4次，可用效防治軟腐病，並可兼治霜黴病。
6．防治根腐病。在杉、松、樟、泡桐油茶、烏桕、月季、玫瑰、桂花和果樹、花卉苗木，根腐病發生初期用0.3％至0.5％高錳酸鉀溶液噴霧和灌根，防治效果可達91％至95％；對瓜、茄、豆類、蔬菜及棉花等作物在苗期發生根腐病，用500至600倍液噴霧和灌根，每隔7至10天噴一次，
使用高錳酸鉀時，配藥時應不斷攪拌，使高錳酸鉀充分溶解，並隨配隨用，防止久放失效。另外，噴藥應選擇在上午9時左右或下午4時以後進行，幼苗7葉前施藥應在噴藥後5分鐘及時用清水沖洗，防止產生藥害。
