如何確定疾病是由傳染性病菌所引起的？通常傳染病與水質惡化所產生的魚體不適最大的差別就是最初魚只發病的數量。
水質惡化所產生的疾病， 通常都是在短時間內出現大量病魚， 也許隔一個晚上， 就發現所有的魚都夾尾， 此即水質的問題。
而細菌性的傳染， 雖然也是由水質惡化所引起。 但其致病主因仍然是由細菌侵入抵抗力弱的魚體所造成(魚體抵抗力弱是水質惡化導致)。 初期只會有少數魚之發病， 最初的症狀通常只有浮頭、食欲不振等等， 若飼主忽略此項症狀， 則給予細菌感染的機會。
這裡所指的細菌性傳染病， 泛指各種細菌性爛尾。
當你確定你的魚缸中已經有會傳染的菌源存在時， 通常的做法整缸治療， 並輔以大量換水來減彽細菌的數量， 但當細菌傳染力太強或沒有辦法高次數換水時， 提供以下的做法來控制病情。
疾病初期：(治癒率：高)
只有一隻魚發病，
依照正常方式，
隔離治療，
原缸下重鹽，
每天大量換水，
持續三至五天，
若停藥一星期之後，
沒有新的魚只發病，
即可確定以控制病情。
疾病中期：(治癒率：3~5成)
若隔離第一隻病魚，
數天之後原缸仍然出現病魚，
就代表疾病已在原缸中蔓延開來。
此時可採用兩種方式。
方法一是隔離病魚， 病魚缸與原缸下重藥， 每日換水， 將過濾綿全部更新， 儘量減少細菌數量， 持續兩周， 若沒有新的魚只發病， 即可確定控制病情， 若新的病魚不斷出現， 則使用方法二。
方法二是逆向操作。
將外表健康的魚移至新缸，
如果可能最好是一隻一缸。
健康的魚以黃藥和重鹽藥浴三至五天，
停藥後一星期沒發病即是沒有被傳染的危險，
若發病則移至病魚缸。
病魚缸採用輕量藥劑長期治療，
並輔以每天100%換水，
兩天喂一次，
喂完之後馬上換水。
持續此步驟直到缸中的魚症狀消失回復活力，
或是持續到魚全部掛光為止。
若是對病魚缸中的魚已經放棄希望，
可以考慮使用福馬林或過猛酸甲等強力藥物，
若仍然不幸倒缸， 切記先將所有設備用熱水燙過， 重新養水， 在放入新的魚只， 以免重蹈覆轍。
當魚缸出現傳染病時， 治療已是次要事項， 如何防止疾病的蔓延才是重點， 通常疾病蔓延會持續到魚全部死亡為止。 所以很多人養魚常遇到養怎麼死， 待魚死光之後， 重新洗魚缸佈置造景， 新買的魚反而能養活， 即是因為重新洗魚缸這個動作消滅了傳染病之故。
