一般來說,對於已經感染了寄生蟲病的病畜,或是正在經歷著使用免病抑制劑的治療過程的病畜,防疫注射是屬於禁忌的。至於幼仔,在對其進行任何防疫注射之前,要喂給驅蠕蟲劑加以預處理。此外,緩和性的(稀釋的)防疫注射對於懷孕母畜也要禁忌。因為,除非有相反的證據,人們認為這種藥會引起幼胎的畸變。
經常出家門遊歷的寵物,通過與別的寵物或別的混雜地區的接觸,有著罹患傳染病的較高危險性。因此,對其給以預防注射始終是更重要的措施。然而,卻不可設想家裡養的戶內寵物,
防疫注射的需要性難於確定的原因之一,就是某些傳染病會有一個無症狀階段,在該階段已感染寵物可能不會顯出任何受感染的臨床症狀,甚至當獸醫對其進行檢查時也是這樣,但是它卻仍能傳染與其接觸的其他寵物;一隻患有諸如鼻炎和衣原體病的寵物可能表現出已被治癒,
其他的傳染病病情發展緩慢,已受感染的寵物的表現似乎健康狀況良好,但在實際上純粹是由於處在這種病的無症狀階段,如果不採取專門對口的檢查實驗來鑒別特定的疾病,這只寵物就不能被診斷病情並且還將致病危機帶到別的寵物身上。所有這些可能傳染病的機會,論證表明了保證給寵物進行防疫注射的好處。
當一隻寵物經過了防疫注射,獸醫就會在該寵物的防疫注射記錄上記錄注明類別方法、日期和防疫注射批號,只有獸醫才被授有權力填寫這種檔。