菌群失調——最基礎的表現是水面出現“油膜”， 出現這種情況一般在水族缸生態還未形成階段或開始惡化階段， 此時加硝化細菌， 光合細菌等有益菌是必要的， 可以增強有益菌的菌群優勢， 使生態保持穩定。
N.P元素過量――出現藻類大量滋生。
有害物質過多――像硝酸鹽過量， 最顯著的生物測試指標就是出現黑殼蝦死亡， 由於黑殼蝦對硝酸鹽等有害物質的忍耐力要遠小於魚類， 所以一旦黑殼蝦出現大量死亡， 表明水質已惡化， 應該轉移熱帶魚了， 因而， 在水族缸裡飼養特效清潔工――黑殼蝦無論對水草還是魚類都無疑是一件好事，
水中有機質含量過多――像過度的魚糞沉澱，
過多的活餌投喂都易引起魚缸缸壁黃色附著物（一種以此為食的蟲類生物）增多，
不過還好這些黃色附著物不會產生有毒的次生代謝物，
只是影響水族缸的觀賞效果。
水中刺激性物質過多――比如消毒藥物放置過多，
植物葉片很容易出現透明現象，
這是植物葉肉細胞死亡引起的。
肥料吸收不足――液肥貼加不足或根部吸收不好， 都會出現新長的葉子遠小於老葉， 嚴重者會出現水草爛心。 此時應注意肥料的貼加， 及根部的護理（比如加根肥）。
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