1、骨胳 金魚與鯽魚同屬，所以均具有脊椎動物的特點，有骨胳其主軸骨胳包括頭骨、脊椎骨和肋骨；附肢骨胳包括鰭條骨和肩帶骨。不過金魚椎骨因品種不同，所以脊椎骨數量不一，一般在23－30個之間，它比鯽魚脊椎骨要少3－9個，而且金魚的頭骨逐步從扁狹型發生了變異，成為今天的圓桶型、平寬型、尖頭型。對於金魚能自由自在地在水中活動，這也和鯽魚一樣，分別由頭部肌，軀幹肌和肢部肌附著骨胳，在神經系統的支配下進行左右交替的伸縮，帶動周身骨骼，使魚體兩側左右擺動，由擊水產生的反作用力，
2、臟腑 金魚的臟腑有心臟、脾臟、肝臟、腎臟、鰾、食道、胃、大腸、肛門、鰓、輸精（卵）管、生殖腺、輸尿管。
（1）金魚的心臟由靜脈竇、心耳和心室三部分組成，位於頭與軀幹交界處附近的腹面，鰓和肝之間的圍心腔裡，它是血液迴圈的主要臟器。
（2）脾臟具有造血功能，位於消化道的背面，它是白血球的製造者，又是清除失去功能的紅血球的清道夫。在金魚的血液中，紅血球的數量遠遠超過白血球數量，有時紅血球是白血球的幾十甚至幾百倍。
（3）金魚的血液循環系統還包含淋巴系統，它擔負著運輸營養和清除廢物的任務。另外在五鰓弓的背面有一個胸腺，
（4）金魚的消化系統 金魚攝食後，經過口腔、咽喉、咽頭齒、食道腸道、膽囊、肝臟，胰臟的協同作用完成消化吸收，最後經肛門排出廢物。同時，肝臟在消化系統中有貯藏養分和解除體內毒素的功能。
（5）金魚沒有單獨的胃、所謂的胃，實際上是食道與前腸連接的膨大部分，它沒有明顯的消化功能，僅能存留食物。
（6）金魚的鰓是呼吸系統的主體，它由鰓弓、鰓絲組成，金魚靠它從水中吸取氧氣和排出二氧化碳。
（7）金魚的鰾是調節魚體平衡的主要器官，是否參與呼吸作用，現在尚無定論。
（8）金魚的中樞神經系統由腦和脊髓構成，
（9）金魚的感覺系統與神經系統連接緊密，是神經系統的週邊器官。包括感覺器官、嗅覺器官、味覺器官、視覺器官和聽覺器官。
（10）金魚的排泄系統和生殖系統關係密切，它們來源一致，位置接近，有共同的管道。排泄系統由腎臟、輸尿管、膀胱、尿道、尿殖竇組成；生殖系統由生殖腺和生殖導管組成。金魚的生殖腺是雌雄異體，雌魚生殖腺是卵巢，雄魚生殖腺為精巢。
（11）金魚的內分泌系統 內分泌器官是無管的腺體，可以分泌各種激素，對魚體的生理活動起到協調和控制作用。金魚內分泌腺體有腦下垂體、甲狀腺、生殖腺、腎上腺、胰島等幾種。
