無論是新手還是老手，任何一個礁岩水族箱愛好者都知道或聽說過水體循環的重要性。出水量或每小時出水率，正如在許多書本雜誌上刊登的文章所示被建議在一個很大的範圍，低到每小時3次，高至每小時8次。看上去這主要是為了過濾和氧化的需要，當然如此，但不全面。大部分情況下，我們忽略了過濾目的只是必需的水流迴圈的一個形式，更重要的，它創造了礁岩水族箱內的環流，這正是所有無脊椎動物和珊瑚必須的，就象它們在所習慣的大海生活，但兩者還是有著很大的差別。
環流可通過佈置獲得。
例如，將水族箱內的強力型水泵指向一定的角度，可使水族箱內所有區域獲得適中至強勁的水流。通過使用切換電流的設備，在預置的時間間隔內輪換這些水泵的開啟或關閉，從而改進水流模式，產生漲落潮的效果，讓我們的礁岩缸更具自然的特徵。達到這些效果的商業化設備已在寵物商店銷售。比如礁岩專業公司Thiel Aqua Tech已將此研發為技術強項並生產出相關產品，讓愛好者將他們的魚養的更長久，為保存自然礁岩減少損耗盡綿薄之力。其他的公司包括Route 4 Marine Technology、Lifereef Systems和Marine Technical Concepts。
以我的經驗，只要飼養者在水族箱內提供強勁的水流，以過濾為目的的水體循環內沒必要象在某些文獻中要求的那麼高，整缸水每小時迴圈2—3次足矣。
因為生物的存活依賴於過濾的品質（特別是生物過濾），選擇一個高品質的水流泵是必需的。很多愛好者購買極便宜的水流泵，這完全是個錯誤，快扔了它們吧！你的水流泵必需每天、每月、每年不停地運轉，這不是任何一個水流泵都能辦到的。
記住，當你的水流泵故障導致過濾停止，濾床上的細菌將在數小時內死亡，或者更快，這取決於你在滴流式篩檢程式中使用的介質類型。塑膠介質有著最好的存活率，如BioTechs、SuperTechs、生化磚、生化球等都是很好的介質，用在你的滴流式篩檢程式的生化腔內，無懼於斷電或水泵故障。購買一個可在堿水中持續使用的水泵，興趣愛好商店所售的大多是用在其他行業的化學品用泵。如IWAKI，
在沖印業被廣泛使用，儘管它們是很優秀的，在我看來它們運行時有些過熱，我已不再使用。
水泵的大小是一個經常被混淆的問題。愛好者使用的原理是“我的水族箱蓄有100升水，根據書本，我應該需要一個每小時300—400升流量的水泵”，這是錯的。我們要注意水流泵的揚程（簡單說，就是水泵在0壓的豎管中將水提升的高度），高度、位置、管道都會影響水泵的表現，相當程度地減少了出水量。要達到期望的每小時300—400升出水量，你也許更應該購買一個標注為每小時800—900升的水泵，當你在為你的系統組態水泵時請務必牢記。如果僅僅過了數個星期後，你就覺得需要換一個更強勁的馬達，那將是既浪費金錢又浪費時間。
確認水泵能經受鹽水的長時間侵蝕也是十分必要的。
安全的鹽水泵不包含任何可被鹽水腐蝕部分，這意味著泵室和機芯都是由耐久的惰性塑膠或316#不銹鋼製造，銅、鋅、鎳等合金不可使用。提醒你有時會使用臭氧，而臭氧的氧化能力非常快，除非你擁有一個真正高品質的水泵。我不是建議你一定要購買那些標明可供臭氧使用的水泵，那太昂貴了，但你可以買低一檔的好產品，如全封閉磁性馬達、聚丙烯外殼、聚丙烯或316#不銹鋼葉輪和Viton密封條等。另外，你應該知道許多水泵直接由流水散熱，可導致礁岩水族箱內的水溫上升幾度，這是我們不期望的。保持低水準水溫是一個大問題，為你的礁岩缸購買空氣冷卻泵吧！它們有時挺管用的。
請經常清洗你的水泵，
垃圾、黏液、海藻碎片等都會吸入葉輪腔，堵塞機芯，影響水流，使水泵更熱，甚至毀壞水泵。因為隨著廢物的增多，水泵需耗費更多的功率將水注入管道，我建議你至少每10—12周清洗一次水泵。要這樣做，在安裝系統時，你應考慮到水泵將經常被取出保養，唯一安全的方法是在每側水泵上加裝全膠合球閥。當你需要清洗水泵時關閉
