硝酸鹽作為水生植物的主要氮肥來源， 但水族箱中的水生植物並不能直接同化硝酸鹽， 它必須在體內將吸收的硝酸鹽先還原為亞硝酸鹽， 然後將亞硝酸鹽再次還原成銨之後， 才能將氮同化。 由這個過程看來， 亞硝酸鹽不但不會造成對水生植物的毒害， 而且亦是水生植物的氮肥來源之一。
但是， 亞硝酸鹽對觀賞魚類等水族生物是有一定毒害作用的， 只不過它的毒性要比氨小得多， 致命的濃度含量為10-20ppm， 也就是說一般水族生物必須要接觸到這個濃度的亞硝酸鹽後，
水質的硬度也會直接影響亞硝酸鹽的毒性， 在硬度較高的水質中， 亞硝酸鹽的毒性會降低， 至於為什麼會這樣， 構成的原因至今不得而知， 亦沒有資料可以參考驗證。 增加水質中的鹽度也可以減少亞硝酸鹽的毒性， 因此在鹽度高於一般水質的情況下， 即使亞硝酸鹽含量相等， 在鹽度高的水質中亞硝酸鹽的毒性相對來說要低得多。
亞硝酸鹽的毒性在於它會破壞紅血球， 使血液的供氧能力逐漸喪失， 並使魚類的肝、脾臟和腎臟的功能不彰， 導致魚類的體力衰退、精神不佳， 因此而容易感染各種疾病。 這種現象只要亞硝酸鹽的濃度含量高於0.1-1.0ppm就會產生， 只不過仍依魚種不同而異， 例如：七彩神仙魚在亞硝酸鹽濃度含量只有0.5ppm時， 對疾病的感受性就會相對增加。
