1、種蒼蠅馴化有一定的難度，且時間也較長。
解決的辦法是：直接引種。
2.、種蒼蠅不產卵。
種蒼蠅總停留在光線較強的地方不願下來吃食物，也不產卵或產卵極少。出現這種情況的原因是：首先主要是環境因素，如氣溫過低、光線太暗、養殖房內有蒼蠅不喜歡的異味、食料盤與海綿未清洗產生異味、飼喂蒼蠅的食物變質、糞料不新鮮或發酵過頭等、集卵物不新鮮、養殖員在蠅蛆房吸煙、養殖員在養殖房內活動大手大腳驅趕蒼蠅、雄性蒼蠅過多而雌性蒼蠅極少等等。解決的辦法是：養殖房內的溫度要求在22℃以上、38℃以下，
光線不能太暗，消除如油漆等其他異味，食料盤與海綿要求2天清洗一次，海綿20天更換一次新的，每天都要用新鮮的食物飼喂種蒼蠅，養殖蠅蛆的糞料要求最好是新鮮的（3天以內的），集卵物要現配現用，集卵物中不能加入EM或蒼蠅不喜歡的物質進去，在養殖房內嚴禁吸煙，養殖員或參觀者進入養殖房內要輕輕走動，嚴禁驅嚇蒼蠅，讓蒼蠅知道我們不是它們的敵人，用較好的糞料養好留種的蠅蛆，以保證有足夠的雌性種蠅。解決了以上問題，要想讓蒼蠅多產卵是很容易的。
3、蠅蛆在還未長大就往外爬。
在正常的養殖情況下，蠅蛆是長大成熟後才爬出糞堆，但在養殖中，有的還未長大就爬了出來，一大堆小蠅蛆在糞堆上來回亂爬，
不願鑽入糞堆中吃食物。這主要原因一是糞料中的溫度太低，糞料溫度在低於27℃時，蠅蛆就很難吸收糞料中的養分了，糞料不新鮮或發酵過頭在進入蠅蛆房後不再發酵，糞料中的溫度過低，蠅蛆在糞堆中無法吸取糞料中的養分，蠅蛆只好集體鑽出糞堆尋找食物。解決辦法是：提高養殖房內的溫度，糞料的溫度也就提高，養分能夠讓蠅蛆吸收；用新鮮的糞料放在正在到處亂爬的蠅蛆上，蠅蛆就會馬上鑽進新糞料中覓食；二是蠅蛆數量太多，糞料不夠，糞料中的養料已被蠅蛆全部吃完，沒有了食物，蠅蛆只好出來另找食物了。解決的辦法是添加新糞料即可。出現以上情況在春秋季最多。
4、蠅蛆不自動分離或分離不乾淨。
自動分離的原理是利用蠅蛆的生理特徵，蠅蛆在長大成熟後就要化蛹，但它們都不喜歡在生長中的糞堆裡化蛹，它們就會從糞堆中爬出來，但被育蛆池的池牆擋住了，它們只好沿著牆邊往兩邊走，快到收蛆桶邊的時候，它們碰到了一個微小的坡，它們反而更加爭先孔後往上爬，剛爬到收蛆桶邊上時，一個突然的下坡（蠅蛆沒有眼睛）使它們措手不及地掉進了收蛆桶中就再也爬不上來了。有時候特別是在冬春季節，總發現蠅蛆分離不乾淨，許多蠅蛆在糞中化蛹了。其原因一是養殖房內溫度太低，低於20℃，而糞堆中溫度卻在30℃以上，蠅蛆爬出來馬上感覺到外面的溫度對化蛹會不利，只好在糞堆中化蛹了；二是養殖的糞堆太大，
旁邊的蠅蛆自動分離了，而生存在糞堆中間的蠅蛆它們爬了很久都還沒有爬出糞外，沒有眼睛的它們以為糞堆是無邊無際的，再爬也是徒勞，只好在糞堆中化蛹算了；三是蠅蛆頻繁的活動把糞弄散後總是使糞連育蛆池邊都塞滿了，蠅蛆連爬出的“路”都沒有了。解決的辦法是：蠅蛆自動分離的時間在3～9點鐘，這其間的溫度應該在20℃以上，每個育蛆池中糞重量在100公斤以下，每天要2～3次把堵塞在育蛆池邊的糞料鏟到中間，使蠅蛆育蛆池牆邊的路暢通無阻。
